Il est né à Trévoux (Ain) le 16 octobre 1832, d’Antoine Guigue, propriétaire et menuisier (1790-1841), et de Marie Catherine Oret [écrit « Auray » sur les actes de mariage et de décès de Marie Claude et sur son propre acte de décès, 1797-1879 ; il a d’ailleurs publié sous le pseudonyme de « Marius Auray » ou « Le Dombiste »]. Bachelier ès lettres en 1852, licencié en droit en 1855, il entre à l’École des chartes en 1853 et obtient le diplôme d’archiviste-paléographe le 11 novembre 1856. Sa thèse, Essai sur les causes de la dépopulation de la Dombes et l’origine des étangs (Paris : Dumoulin, 1857, 72 p.), saluée par Siméon Luce, sera distribuée aux Chambres lors du vote de la loi du 21 juillet 1856 sur la licitation des étangs situés dans l’Ain. Le comte de Coëtlogon, préfet de l’Ain, utilisera cette étude tant économique qu’historique pour rédiger un rapport sur la nécessité d’assécher les étangs de la Dombes.

 La première partie de sa carrière est parisienne : chargé par Jules Quicherat de traduire pour Napoléon III des notes secrètes de Napoléon 1^er, Guigue, admonesté par le secrétaire de l’empereur qui lui fait part de l’impatience du souverain pour la lenteur des travaux, invoque les difficultés de la tâche et déclare, selon Tricou : « L’Empereur m’emm… » au moment où celui-ci entrait dans la pièce. Il s’attire ainsi l’animosité de Napoléon III. Cette antipathie sera durable et son nom ne sera pas mentionné dans l’Histoire de Jules César parrainée par l’empereur.

 Il est renvoyé à Trévoux au poste subalterne de vérificateur des poids et mesures le 15 mars 1859, inaugurant la seconde partie de sa carrière qui se déroule dans l’Ain. Il collabore avec Johannès Erhard Valentin-Smith* pour les fouilles de Formans et divers dossiers (Genay, etc.). Le duc de Persigny l’appelle à Paris et l’emmène dans sa voiture qui prend la direction du Louvre. Guigue, inquiet, descend de la voiture : « Malheureux, dit le duc, l’Empereur vous attend pour vous décorer », ce à quoi Guigue répond : « Jamais je ne serai décoré par cet individu ». Sa passion pour l’histoire de la Dombes est plus forte que celle des poids et mesures, puisqu’après avoir publié (outre sa thèse) : Notice sur l’ancienne imprimerie de Trévoux (Lyon : Vingtrinier, 1855). – Notice historique sur le château de Trévoux (Lyon : Vingtrinier, 1856, 30 p.). – Testament de Guichard III et d’Humbert de Beaujeu (Bibliothèque de l’École des chartes, 4^e série t. III, 1856 ; et ibidem vol. 18, n° 1, 1857, p. 257-264), il fait paraître Notice historique sur Reyrieux (Trévoux : Damour, 1859, 54 p.). – L’histoire dans la question de la Dombes (Trévoux : Lamour, 1860, 43 p.) . – Notice généalogique sur la famille Cholier de Cibeins. Extraite de l’Histoire de Dombes de Samuel Guichenon (1861, réédité Paris : Claye en 1870, 26 p.). – Notice généalogique sur la famille Garnier des Garets (Trévoux : Damour, 1861, 49 p.). – Histoire de la souveraineté de Dombes, par Samuel Guichenon, publiée avec des notes et des documents inédits (Lyon 1863). – Notes historiques sur les fiefs et paroisses de l’arrondissement de Trévoux (Lyon : Brun, 1863, 334 p.). – De l’origine de la signature et de son emploi au moyen âge, principalement dans les pays de droit écrit (Paris : Dumoulin, 1863, 96 p.). – Cartulaire de l’église collégiale de Notre-Dame de Beaujeu, suivi d’un appendice et d’un tableau généalogique de la Maison de Beaujeu (Lyon : Brun 1864, 64 p.). – Inscriptions de l’arrondissement de Trévoux du xviii^e au xviii^e siècle (Trévoux : Damour, 1865, 70 p.). – Mémoires pour servir à l’histoire de la Dombes, par Louis Aubret, conseiller au Parlement de Dombes (1695-1748). Publiés pour la première fois, d’après le manuscrit de Trévoux, avec des notes et des documents inédits (Trévoux : Damour 1868). – Documents inédits pour servir à l’histoire de la Dombes (Trévoux, 1868). Nommé percepteur à Songieu (Ain) en 1866, il en profite pour rédiger une Notice sur la chartreuse d’Arvières en Bugey (Lyon : Vingtrinier, 1869, 4 vol., 2244 p.). Nommé à Vonnas en 1870, il refuse, dit-on, de se présenter à la députation. Archiviste du département de l’Ain le 10 avril 1873, il fait paraître sa Topographie historique du département de l’Ain (Bourg-en-Bresse : Gromier, Lyon : Brun, Paris : Dumoulin, 1873), qui fait toujours autorité. Il poursuit des fouilles, notamment à Vieu-en-Valromey, où il trouve un Mithraeum, précédé d’un aqueduc.

 La troisième partie de sa carrière se passe à Lyon, dont, jusqu’ici, il s’était peu préoccupé au plan historique, si ce n’est d’avoir fait paraître : « Fragment d’une chronique lyonnaise » (RLY 3, 1862, p. 293-302). – Obituarium ecclesiae Sancti Pauli Lugdunensis ou Nécrologue des bienfaiteurs de l’église Saint-Paul de Lyon du xi^e au xiii^e siècle, publié pour la première fois avec notes et documents inédits (Bourg-en-Bresse, 1872). Il occupe le poste de conservateur adjoint des archives de la ville de Lyon à dater du 5 juin 1874, puis, à la suite du décès de Jean-Pierre Gauthier, celui d’archiviste en chef du département du Rhône et de la ville de Lyon le 16 novembre 1877, qu’il conservera jusqu’à sa mort. Il demeure alors 43 rue Malesherbes. En 1880, il est nommé inspecteur-général des archives communales du département. Son œuvre lyonnaise, considérable, a été donnée par Tricou. Il n’oubliera pas l’Ain puisqu’avec son compatriote Valentin-Smith, il publiera Bibliotheca Dumbesis (2 vol. Lyon, Trévoux, 1887).

 Il avait épousé à Trévoux le 22 décembre 1860 Joséphine Collet (née à Trévoux le 16 mai 1840), institutrice, fille de Jean Georges Collet, dit Capitant, négociant (épicier), et de Marie Perruct ; Valentin-Smith*, sous le nom encore officiel de Johannès Erhard Smith, est son premier témoin. Ce sont les parents de Georges Guigue*.

 Il est mort à Trévoux le 8 février 1889.

 Il a reçu plusieurs distinctions : officier d’Académie (8 avril 1874) ; chevalier de la Légion d’honneur (27 avril 1878) ; officier de l’Instruction publique (10 juillet 1886).