Au début du XVIe siècle, quelques Lyonnais se réunissent pour cultiver les lettres et les sciences. Ils donnent à leur société le nom d’Athenaeum Lugdunense restitutum pour la rattacher aux temps glorieux d’Auguste et de Claude. Ce titre sera repris comme devise par la future Académie.
Le 10 avril 1700, Claude Brossette, avocat et échevin, écrit à Boileau pour l’informer de la naissance de la première véritable académie lyonnaise. Elle ne compte que sept membres : MM. Dugas (père), Falconnet, Brossette, Antoine de Serre, Louis de Puget, Saint-Bonnet et Fellon, mais, remarque-t-il, « nous avons cru qu’un plus grand nombre nous embarrasserait, et pourrait nuire à la liberté dont nous voulons jouir » et « Les plus grandes choses ont presque toujours une faible origine » ; avant de préciser : « depuis le commencement de l’année nous avons formé ici des assemblées familières pour nous entretenir des Sciences et des Belles-Lettres, un jour de chaque semaine. […] Toutes sortes de sujets peuvent être tour à tour la matière de nos conférences: la Physique, l’Histoire civile, et l’Histoire naturelle, les Mathématiques, la Langue, les Lettres humaines, etc.». Boileau répond par une lettre d’encouragement datée du 1er juin 1700 : « Je suis ravi de l’académie qui se forme en votre ville. Elle n’aura pas grande peine à surpasser en mérite celle de Paris, qui n’est maintenant composée, à deux ou trois hommes près, que de gens du plus vulgaire mérite, et qui ne sont grands que dans leur propre imagination. Je suis persuadé que, dans peu, ce sera à l’Académie de Lyon qu’on appellera des jugements de l’Académie de Paris ». D’ailleurs l’académie lyonnaise refuse de se placer sous le patronage des Académies parisiennes comme le font beaucoup d’autres. La première assemblée -dont il reste une trace- se tint le 30 mars 1700, et on sait qu’elle fut employée, ainsi que la suivante, à discuter la démonstration de Descartes sur l’existence de Dieu. Les maisons de Brossette, de La Valette, de Montigny , de Dugas et surtout de Falconnet accueillirent les réunions de l’Académie, avant qu’en 1717 l’archevêque François Paul de Villeroi ne mette une salle de son palais, proche de la cathédrale, à sa disposition. Par un beau retour aux sources l’Académie est aujourd’hui logée dans l’ancien palais archiépiscopal de Saint-Jean et y tient ses séances hebdomadaires.
En 1713, un autre groupe de jeunes notables lyonnais se réunit dans le but premier d’organiser des concerts et dans celui de parler de sciences : parmi eux Nicolas Bergiron, Jean-Pierre Christin et Ferdinand Delamonce. En 1724, cette académie est reconnue comme « Académie des Beaux-Arts » indépendante de celle des « Sciences et Belles-Lettres ». Elle construit alors, entre les Cordeliers et le Rhône, le bâtiment dit du Concert pour y donner ses spectacles et y tenir ses réunions (il sera cédé au Consulat en 1742 et détruit en 1856). Elle est divisée en trois classes : physique, mathématiques et arts. À partir de 1736, une scission se produit entre les amateurs de musique (la Société du Concert) et ceux qui s’intéressent avant tout aux sciences : la « Société des Conférences » rebaptisée en 1748, «Société royale des Beaux-Arts»
En 1724, des Lettres patentes avaient officialisé deux compagnies : Académie des sciences et belles-lettres d’une part, Société royale des beaux arts de l’autre, avec vie indépendante mais un seul protecteur, le maréchal duc de Villeroi. En 1758, de nouvelles Lettres patentes entérinent enfin la fusion des deux sociétés. Beaucoup de membres appartenaient déjà à l'une et l'autre. L’Académie prend alors le titre qui est encore le sien : Académie des Sciences, Belles-Lettres et Arts de Lyon, et se réunit en séance extraordinaire le 31 août 1758.
Le 3 novembre 1786, le roi accorde à l’Académie le privilège d’imprimer, durant 20 ans, ses ouvrages, ceux des académiciens et ceux qu’elle aurait approuvés, de choisir son imprimeur et de vendre les livres.
Le 4 août 1789 on ferme la bibliothèque et la séance publique prévue pour la Saint-Louis est reportée. L’Académie interrompt ses séances le 22 février 1791 ; elle sauve ses livres et collections menacés de dispersion et continue tant bien que mal à fonctionner dans les bâtiments du Collège. Mais par un décret du 8 août 1793, la Convention supprime les sociétés savantes sans exception. L’Académie de Lyon a cessé d’être.
La première séance publique, conformément aux Lettres patentes, a lieu le mardi 12 décembre 1724 à l’Archevêché. C’est en 1726 qu’un premier acte consulaire de la ville de Lyon fixe le siège de l’Académie à l’Hôtel de Ville, dans la salle attenante au Secrétariat, et précise que « les frais de l’écritoire, du feu et de la lumière » seront assurés par la Ville. En 1736, le Consulat, accédant à la demande du duc de Villeroi, décide de distribuer aux académiciens 150 jetons d’argent par an ; ceux-ci portent à l’avers la devise académique avec l’Autel de Rome et Auguste et, au revers, les armes de la ville. En 1745, la dotation est portée à 260 jetons par an et, en 1759, après la réunion des deux sociétés, à 600. L’acte du 14 août 1758 constate que la salle est devenue trop petite pour contenir les « livres, machines, curiosités d’histoire naturelle et autres effets » et pour accueillir désormais quarante académiciens en séance. En foi de quoi il affecte aux réunions du mardi et du jeudi la grande salle dite des Portraits ou salle Henri IV.
Pierre Adamoli, ancien conseiller du roi, meurt en 1769. « Je lègue, dit-il, à perpétuité‚ et de bon cœur à Messieurs de l’académie […] mon petit médaillier avec ma petite collection d’histoire naturelle, en coquillages, pierres arborisées et pétrifications, congélations, minéraux de différents genres. […] Je leur donne avec plus de plaisir ma bibliothèque entière composée à présent d’environ cinq mille volumes ». Cette bibliothèque comptait 5600 volumes, le médaillier 1016 pièces. Adamoli lègue aussi la somme de 3 500 livres dont le revenu doit permettre de frapper deux médailles, l’une d’or, l’autre d’argent, récompensant un prix bisannuel pour des concours d’histoire naturelle. Il demande enfin que son portrait copié par Cogell soit placé dans la bibliothèque, ouverte au public une fois par semaine (6 heures l’hiver et 8 heures l’été). Les objets du legs Adamoli sont d’abord stockés dans le bâtiment du Concert. En 1771, la Ville reçoit l’important cabinet d’histoire naturelle d’Antoine Joseph Pestalozzi ; elle confie alors ces collections à l’Académie qui les ajoute au legs Adamoli, sans lui donner les moyens d’ouvrir au public cette première ébauche du Muséum d’histoire naturelle. Les héritiers d’Adamoli entament donc un procès en restitution pour non-respect de la clause d’ouverture au public de la bibliothèque et des collections. Ce n’est qu’en 1777 qu’un acte consulaire attribue à l’Académie le pavillon d’angle de l’Hôtel de Ville donnant sur la place de la Comédie et la rue Puits-Gaillot. Les assemblées continueront à se tenir dans la salle des Portraits. Dès lors, tous les mercredis non fériés, le public peut visiter le premier vrai musée lyonnais et sa bibliothèque confiés aux bons soins de Messieurs de l’Académie.
La Révolution avait supprimé, ès qualité, l’Académie et, physiquement, quelques-uns de ses membres : Charles Mathon de la Cour, Pierre Antoine Barou du Soleil, Thomas Merle de Castillon, Léonard Roux de Saint-Céran et Barthélemy Terrasson de la Barollière guillotinés sur la place des Terreaux en 1793, Jean Jacques Millanois, fusillé aux Brotteaux et J. M. Roland de La Platière (suicidé dans l'Eure) ; Deschamps et Millanois étaient morts au combat durant le siège de la ville ; Rozier avait péri dans son lit sous les bombes des assiégeants.
Raymond de Verninac, nommé préfet général du Rhône, arrive à Lyon le 10 avril 1800. Son activité administrative ne l’empêche pas de vouloir faire revivre le passé littéraire, scientifique et artistique de Lyon. Le dimanche 13 juillet 1800, il réunit à l’hôtel de la Préfecture, rue Boissac, des savants, littérateurs et artistes, en particulier les survivants de la défunte académie. Il les convainc de la faire renaître sous le nouveau nom d’Athénée, qui est celui figurant sur l’ancien sceau académique. Il promulgue le jour-même un arrêté stipulant que « l’Académie qui exista dans la ville de Lyon soit remplacée par une Société libre des sciences, lettres et arts ». L’arrêté comporte 24 articles, que la nouvelle Société approuve comme règlement:
ARRÊTÉ:
Art.1er . Il y aura dans la ville de Lyon une Société libre des sciences, lettres et arts, sous le titre d’Athénée.
2. Cette Société sera composée de Membres ordinaires, d’Émules et d’Associés. .
3. Les Membres ordinaires seront au nombre de quarante-cinq. Ils auront seuls le droit d’élection et le jugement des prix. C’est parmi eux qu’on choisira les membres du Bureau, les commissaires pour les rapports, avis et députations, Ils fourniront un tribut annuel..
4. Les Émules seront au nombre de quinze ; admis aux séances, ils y auront voix consultative et fourniront deux tributs annuels.
5. Les Associés seront divisés en associés libres, résidant dans le département, et en associés honoraires.
6. Les associés libres seront au nombre de trente. Ils pourront assister aux séances, il y auront voix consultative, et ne seront soumis à un tribut que tous les trois ans.
7. Les associés honoraires seront en nombre illimité. On les choisira hors du département. Ils seront invités à correspondre avec la Société, et à lui envoyer leurs ouvrages.
8. Lorsque, parmi les membres ordinaires de l’Athénée il y aura une place vacante, les membres choisiront, pour la remplir, parmi les émules ou parmi les associés libres ou honoraires. Le candidat devra réunir vingt-trois suffrages.
9. Néanmoins, si, pour remplir une place vacante parmi les Membres ordinaires, il se présente des candidats qui ne soient ni dans le nombre des émules, ni dans celui des associés libres ou honoraires, les Membres pourront fixer leur choix sur l’un de ces candidats, pourvu qu’il réunisse trente-un suffrages.
10. Les membres ordinaires de l’Athénée nommeront aux places vacantes d’émules et d’associés libres ou honoraires, suivant le mode indiqué dans l’article 8.
11. Aucune élection ne sera faite que dans une assemblée générale des Membres convoqués expressément pour cet objet, au moins une décade avant le jour indiqué : toute élection aura lieu au scrutin secret.
12. Les anciens titulaires et associés de la ci-devant Académie de Lyon seront membres de l’Athénée.
13. Le titulaire passera de droit, sur sa demande, dans la classe des associés libres, à la première place vacante. Tout émule ou associé libre perdra son titre, s’il est trois ans sans présenter de tribut.
14. Les exercices seront divisés en deux classes : les sciences, et les lettres et arts. Vingt Membres seront classés pour la physique, les mathématiques, la médecine, l’art vétérinaire, la chimie, etc. Vingt autres le seront pour la morale, la jurisprudence, le commerce, la politique, l’histoire, les antiquités, les langues, la poésie et l’éloquence; cinq autres le seront pour les arts.
15. L’Athénée tiendra une séance privée, le tridi de chaque décade. Il aura deux séances publiques : la première, dans la première décade de germinal; la seconde le vingt-quatre messidor, époque de sa fondation. Les féeries de l’Athénée commenceront au premier fructidor, et se termineront au premier brumaire, chaque année.
16. L’Athénée proposera alternativement un prix dans la classe des sciences et dans celle des lettres, et indiquera, de préférence, des sujets relatifs aux besoins et à la splendeur de la ville et du département.
17. Le Président de l’Athénée sera élu pour un an. Il sera suppléé par un vice Président.
18. L’Athénée aura deux Secrétaires, nommés pour deux ans ; ils pourront se suppléer mutuellement. Encas d’absence ou de maladie, l’Athénée pourvoira au remplacement provisoire.
19. La police intérieure et réglementaire de la Société libre n’appartiendra qu’à elle-même ; elle se convoquera et se constituera sans l’intervention d’aucune autorité.
20. L’Athénée consulté pour les médailles, inscriptions et ordonnances de fêtes publiques, nommera une Commission pour ces objets. L’Athénée consulté par les autorités constituées sur un objet quelconque d’utilité publique, s’empressera de répondre à leur confiance.
21. L’Athénée ne pourra délibérer que lorsqu’il sera composé du tiers de ses Membres.
22. La qualification de Membre de l’Athénée, prise en tête d’un ouvrage, n’emportera point adhésion, de la part de l’Athénée, aux principes et opinions contenus dans cet ouvrage.
23. Le Président et les deux Secrétaires nommeront un Trésorier pour un an celui-ci rendra compte en comité de l’emploi des fonds.
24. Le présent arrêté sera adressé au Ministre de l’intérieur, pour être soumis à l’approbation du gouvernement,
Fait à Lyon, le 24 messidor an VIII de la République.
Le Préfet du département,
R. VERNINAC.
Le Ministre de l’intérieur approuve le règlement. Les nouveaux académiciens offrent à Verninac le titre de « Rénovateur et Bienfaiteur ». Il ne sera président qu’une année, jusqu’au 2 juillet 1801, avant d’être nommé ambassadeur à Berne. Les anciens académiciens encore vivants reprennent leur place et leur nombre est complété pour atteindre 45. On nomme quelques émules et on inscrit en tête des associés les trois consuls, Bonaparte, Cambacérès et Le Brun. Les places étant ainsi limitées, les plus jeunes intellectuels lyonnais créent, en 1807, un Cercle littéraire -devenu la Société littéraire de Lyon en 1831-, qui est une annexe et même une antichambre de l’Académie, sans esprit de concurrence. Le règlement de l’Athénée est discuté et modifié sans cesse : dès 1802, on supprime les émules et les associés libres, on crée les émérites et les correspondants, tandis que les titulaires deviennent les résidents. En 1806, on décide d’abandonner le nom d’Athénée pour reprendre celui d’Académie des Sciences, Belles-Lettres et Arts.
Dès le 12 avril 1814, l’Académie se félicite « avec transport de la déchéance de Napoléon Bonaparte » et voue « une éternelle reconnaissance aux souverains étrangers, grands et généreux libérateurs des Français ». Elle sollicite l’autorisation de porter la décoration de la fleur de lys d’argent, demande à Louis XVIII la faveur de l’inscrire en tête des associés, et celle d’utiliser à nouveau le titre d’Académie royale, ce qui est accordé dès le 29 août 1814.
L’Académie n’a pas retrouvé le privilège de tenir ses séances à l’Hôtel de Ville. C’est au Grand Collège qu’on lui a octroyé un asile médiocre ; elle n’a de cesse de réclamer une place au sein de l’ancien couvent des dames de Saint-Pierre ; son souhait est exaucé sous l’administration de Rambaud qui lui affecte quatre salles, qu’elle occupera de 1824 à 1975. Le legs Adamoli est restitué en 1826 (à l’exception de ce qui fut perdu durant 30 années). En 1831, Terme, alors premier adjoint, décide de réunir en un seul ensemble la bibliothèque de l’école des Beaux-Arts et celles des diverses sociétés savantes établies au palais Saint-Pierre afin de les ouvrir au public tous les jours. L’Académie accepte mais exige que ses livres soient placés dans des armoires distinctes ; 130 ans plus tard, elle cédera la bibliothèque Adamoli à la bibliothèque municipale de Lyon.
À partir de 1847, la Ville double la subvention qu’elle octroyait à l’Académie : 2400 F au lieu de 1200 F.
En sa séance du 24 novembre 1846, « L’Académie reconnaissante de la décision par laquelle le Conseil municipal vient de porter sa dotation de douze cents à deux mille quatre cents francs, arrête :
Art. 1er – Le maire de Lyon est déclaré, à perpétuité, président honoraire de l’Académie ;
Art. 2 - À l’expiration de ses fonctions, le maire de Lyon restera inscrit au nombre des associés de l’Académie. »
Le 15 décembre, le maire remercie de l’honneur qui lui est fait et se félicite « de voir resserrer les liens qui unissent deux corps concourant avec un zèle égal à la gloire et à la prospérité de la ville de Lyon ».
C’est en mars 1847 que l’Académie décide de créer des « fauteuils », d’en fixer le nombre et de les répartir entre les classes et les sections. Elle prend donc, à partir de 1848, sa structure moderne.
Les académies ont souvent cherché à établir des relations privilégiées avec l’Institut, soit avec l’Académie Française, soit avec l’Académie des Sciences. De véritables contrats d’alliance ou d’affiliation sont établis, inclus dans les statuts et repris dans les Lettres patentes officielles. Longtemps, l’Académie de Lyon n’a pas souhaité une quelconque association avec les grandes institutions nationales. Cependant nombreux sont les associés ou correspondants, membres de l’Institut ; nombreux aussi sont les académiciens lyonnais, qui, aussi bien correspondants que titulaires, devinrent membres de l’une des académies nationales. À mesure du développement des sciences, les sociétés «savantes» se multiplient. L’actuel « Comité des travaux historiques et scientifiques » est l’héritier des institutions que l’État chercha à créer pour encadrer l’ensemble des sociétés savantes. Il perpétue la tradition d’un congrès annuel. Francisque Bouillier, académicien lyonnais, traite de deux siècles de relations entre les académies et l’Institut dans un livre intitulé L’Institut et les académies de province (1879). Il avait, vingt auparavant, le 29 juin 1857, présenté devant l’Académie une communication portant le même titre, qu’il concluait ainsi : « Que manque-t-il aujourd’hui aux académies de la province ? Ce ne sont pas les hommes, mais les encouragements, la publicité, une impulsion d’en haut, une direction commune, c’est enfin l’association au lieu de l’isolement. » Il faudra attendre la fin du XXe siècle pour que, sous l’impulsion passionnée d’Edmond Reboul, président de notre académie, on tisse des liens réels entre l’Institut et les académies de province antérieures à la Révolution. La première réunion générale se tint à Lyon, en octobre 1991, en présence des représentants des cinq académies de l’Institut et de 23 académies de province.. En 1994, les statuts de la « Conférence Nationale des Académies » sont acceptés ; E. Reboul en est le premier président élu. Depuis, des rencontres ont lieu régulièrement soit à Paris soit dans une ville académique, la plus solennelle étant celle du 10 octobre 1996 dans le grand amphithéâtre de la Sorbonne, en présence du chef de l’État. La Conférence publie désormais une vraie revue sous le titre Akademos. L’historique complet de la naissance de la Conférence nationale est retracé par E. Reboul dans une communication du 21 avril 1998, intitulée « Lyon et les académies de province ».