Barthélemy Gabriel Joseph Lyonnet est né à Lyon 3e le 21 mars 1866, fils de Joseph Marie Lyonnet (Lyon 1820-Lyon 6e 1909), propriétaire rentier, 45 ans, 60 avenue de Noailles (act. avenue du Maréchal-Foch), et de Pierrette Marie Sophie Gallien (Lyon 1827-Hyères 1887). Témoins : Charles Lyonnet (1815-1874), chevalier de la Légion d’honneur, négociant, président du Tribunal de commerce, demeurant rue du Bât d’Argent à Lyon, oncle paternel, et Antoine Gabriel Gallien, né le 4 mars 1799, maire de Grand-Lemps (Isère), aïeul de l’enfant.
Après des études à l’institution des Chartreux, puis à la faculté mixte de médecine et de pharmacie de Lyon, il devient interne des hôpitaux de Lyon en 1888 et soutient le 24 décembre 1892 sa thèse de médecine : De la densité du sang, sa détermination clinique, ses variations physiologiques et pathologiques (Lyon : A. Rey, 1892, 160 p.), sous la présidence du Pr Lépine. Il poursuit sa formation à l’Institut Pasteur à Paris auprès d’Émile Roux (1853-1933), et devient, en 1894 et jusqu’en 1900, chef de travaux auprès de Raphaël Lépine (Lyon 6 juillet 1840-Menton 17 novembre 1919), professeur de clinique médicale à Lyon. Il s’intéresse alors plus particulièrement aux maladies infectieuses, pratique des études expérimentales sur le bacille typhique et l’immunisation contre la typhoïde. Nommé médecin des hôpitaux de Lyon en 1895, il exerce successivement à l’Hôpital de l’Antiquaille puis à l’Hôtel-Dieu. Dans la suite de son maître Raphaël Lépine qui a été un des premiers, avec Oskar Minkowski (1838-1931) à Strasbourg, à décrire la fonction endocrine du pancréas, il s’intéresse au traitement du diabète. Pendant la guerre de 1914-1918, son service de l’Hôtel-Dieu est en partie militarisé (salles Boudet et Détroyat). Il y soigne les dysenteries, l’ypérite et l’épidémie de grippe. Il est également médecin à l’hôpital auxiliaire n° 6 de la Société des blessés militaires installé à l’Institution des Chartreux, sur la colline de la Croix-Rousse à Lyon. Pendant cette période, il écrit plusieurs brochures à coloration patriotique sinon chauvine : Une monstruosité médicale des Allemands (Lyon, Gabion 1915) ; La question des produits pharmaceutiques allemands (Lyon, H. Garrin, 1915) ; Barbarie scientifique des Allemands : un enfant français traîtreusement mutilé par un crayon explosif (Lyon : Assoc. typogr., 1917) ; Des faits récents montrent que la défaite n’a rien appris aux grand maîtres intellectuels de l’Allemagne (Lyon, [s.n.]), 1919), et promeut La propagande française à l’étranger, (Lyon : Assoc. typogr., 192.
Il est nommé chevalier de la Légion d’honneur, à titre militaire, par décret du 23 février 1921 et décoré le 25 avril 1921. Son parrain est Francisque Regaud (1871-1921), député du Rhône. Admis à l’honorariat, il a quitté les Hospices civils en 1919 et exerce en pratique privée, 37 rue de la République. Membre de la Société nationale de médecine et des sciences médicales de Lyon depuis 1906, qu’il a présidé, il préside aussi la Société médicale des hôpitaux de Lyon, le comité médicochirurgical des hôpitaux de Lyon, et fonde avec Jean Lacassagne la filiale lyonnaise de la Société d’histoire de la médecine dont il devient le premier président. Membre du comité de rédaction du Lyon médical de 1899 à sa mort, il en est le gérant de 1900 à 1919. En 1924, il fonde l’Association générale de l’internat de Lyon (AGIL) reconnue d’utilité publique, dont il est le premier président et à laquelle il donne sa devise : « Mieux nous connaître pour mieux nous estimer et mieux nous aider ». Ayant contribué à la fondation du musée des hospices civils de Lyon, il préside la société des amis du musée. Il est aussi président de l’association des médecins praticiens de Lyon et du Sud-Est. Pendant la guerre de 1939-1940, il reprend du service à l’hôpital des Charpennes. À sa retraite, il publie plusieurs articles historiques dans la revue de l’AGIL, Le Crocodile : « Opinions anciennes et modernes sur la médecine, les médecins et les malades » (1941-1942-1943), ainsi que quatre lettres de jeunesse de Claude Bernard. Il consacre plusieurs travaux historiques à Jean Hamon, médecin et solitaire de Port-Royal, ami de Racine, et à plusieurs médecins des hôpitaux de Lyon, dont Raphaël Lépine, Joseph Louis Renaut (1844-1917), Léon Bouveret (1850-1919), ainsi qu’à l’otorhinolaryngologiste lyonnais Jean Garel (1852-1931) et au prix Nobel de médecine hongrois, Albert Szent-Györgyi (1893-1986). Volontiers humoriste, il écrit aussi deux textes : « Guide précieux pour la bonne humeur et la santé de nos clients basé sur la cuisine lyonnaise », et « La constipation, un mal qui répand la terreur » [références non retrouvées].
Il décède à son domicile 37 rue de la République à Lyon le 27 août 1953. Après une cérémonie à l’église Saint-Bonaventure à Lyon, il est inhumé le 29 à Saint-Genis-Laval (Rhône).
Il avait épousé à Lyon 2e le 13 mai 1902 Marthe Rose Ferry (Lyon 1er, 30 novembre 1876-20 mai 1949), fille de Jean Baptiste Ferry (1842-1925), négociant, et de Constance Tapissier (1842-1900). Ils ont deux enfants : Robert (Lyon 2e 1903-Saint-Cyr-au-Mont-d’Or 1982), médecin accoucheur à l’hôpital Saint-Joseph, et Paulette, épouse de l’ophtalmologiste le docteur Émile Blanc.
Il est élu le 8 juin 1943, au fauteuil 4, section 3 Sciences, sur proposition de Jean Audry* (1858-1950), mais c’est Jules Guiart* (1870-1965) qui fait son rapport de candidature. Il succède à Maurice Lannois* (1856-1942). Il prononce son discours de réception le 20 mars 1945 : Comment a été préparée et réalisée la découverte de l’insuline (MEM 1945, 25). Le 18 juin 1946, il fait une communication sur Cinq cent lettres de Claude Bernard.
J. Guiart L’école médicale lyonnaise, Paris : Masson, 1941. – Exposé des titres et travaux du Docteur Lyonnet, exemplaire numérisé 1912, Paris : BIU Santé. – M. Milhaud « Allocution prononcée aux obsèques du Docteur Barthélemy Lyonnet », Le Crocodile 3, 1953, p. 3-4. – A. Cade, « Allocution au nom de l’Académie, du corps médical hospitalier et de la rédaction du Lyon médical », Lyon médical 35, 1953, p. 129‑131. – A. Dumas, « Allocution à propos du décès de M. B. Lyonnet », Lyon médical, 1954, p. 388-389. – David 2000.
Médaille en bronze gravée par Albert Herbemont, offerte par l’AGIL médaillier des médecins lyonnais, musée historique de la faculté mixte de médecine et de pharmacie de Lyon.
B. Lyonnet a inspiré 35 thèses de doctorat et écrit de nombreux articles. Outre les textes déjà cités, on retiendra : Avec G. Levrat, Relation d’une épidémie de variole observée à Lyon pendant les mois de janvier, février et mars 1889, Lyon : impr. Vitte et Perrussel, 1889. – Des complications articulaires et périarticulaires de la diphtérie, Lyon : Assoc. typogr., 1891. – Recherche expérimentale sur le bacille typhique. Essai d’immunisation du cheval, Lyon : impr. Waitener, 1897. – Avec R. Boulud, Précis de l’art de formuler, Paris : Doin, 1910. – Le principe ni trop, ni trop peu, appliqué à l’examen et au traitement des malades, Paris : Maloine, 1925. – Les acquisitions récentes dans l’étude et le traitement du diabète sucré, Lyon : Camugli, 1935. – L’encombrement thérapeutique, ses causes multiples, ses remèdes possibles, Lyon : Assoc. typogr., 1937.