Né et baptisé paroisse Saint-Félix, à Aiguillon (Lot-et-Garonne) le 17 décembre 1745, il est fils de Pierre Merle [nom de la mère illisible] ; parrain : Tomas Durrignau (qui ne sait pas signer) ; marraine : Anne Merle.
Il fait ses études de théologie à Paris, au collège de Navarre. Il est nommé en 1772 grand-vicaire du diocèse de Lyon par son compatriote, Mgr Antoine Malvin de Montazet, dont la famille possédait à Aiguillon le château de Bossers. En 1775, il est pourvu d’un canonicat de l’église collégiale et baronnie de Saint-Just de Lyon. Après la mort de Montazet en 1788, il conserve sa place auprès de Mgr de Marbeuf. Pendant la Révolution, resté à Lyon contrairement à l’archevêque et aux autres grands vicaires, il s’oppose à la Constitution civile du clergé, puis au serment de liberté-égalité ; mais après les massacres de septembre, il se réfugie difficilement à Chambéry. Cette ville se donnant à la Révolution le 21 septembre 1792, il revient à Lyon. Arrêté en décembre 1793 « dans la maison de Mlle Amboise », le prêtre réfractaire Merle-Castillon est condamné à mort par la commune révolutionnaire le 15 décembre (24 frimaire an II) : « Nous nous sommes transportés sur la place de la Liberté [ci-devant place des Terreaux] à une heure et demie après midi, pour assister à l’exécution qui a été faite sur ladite place à une heure quarante minutes par l’exécuteur des mandements de justice, qui a sur-le-champ guillotiné : Vachon, Bernard, Sorron, Novet, Gigaut, Bourdelin, Mongin, Ainard, Faucheux, Donat, Beaupré, Canonville, Castillon et Lebruma » (procès-verbal du conseil municipal de Commune-Affranchie, 15 décembre 1793). Selon Delandine*, qui partagea sa captivité : « Nous avions parmi nous M. de Castillon, dont le cœur était bon, l’imagination brillante, l’entretien toujours semé de traits piquants et d’anecdotes intéressantes. Son discours, à sa dernière heure, fut un chef-d’œuvre de raison, de piété, de courage et de véritable philosophie ».
Élu le 19 novembre 1778, dans la classe des belles-lettres, l’abbé de Castillon prononce le 1er décembre un discours de réception « où il essa[ie] de prouver que les sciences et les lettres sont unies entre elle, 1° par leurs principes et par leur nature, 2° par la fin qu’elles se proposent, savoir : le bien de l’humanité » (AcMs267-I f°155 et Journal encyclopédique, fév. 1779, p. 527). Par la suite, il se montre assidu et actif. Il est notamment membre du jury du prix Raynal sur l’Amérique en 1785, 1787 et 1789. Lors d’une séance dont Mme Roland rend compte dans une lettre du 27 août 1785, il lit sa traduction du traité de Mencke sur la Charlatanerie des savants (Lettres de Madame Roland, éd. Perroud, 1900, I, p. 537). Depuis 1773, il est associé de l’Académie de Villefranche, et à celle de Marseille.
Bréghot. – A. Guillon, Les Martyrs de la foi pendant la Révolution française, Paris : Mathiot, 1821, t. 2, p. 382-392. – François-Zénon Collombet, Vies des saints du diocèse de Lyon, Lyon : Rusand, 1835. – Salomon de La Chapelle, Histoire des tribunaux révolutionnaires de Lyon et de Feurs, Lyon, 1879. – J.-B. Vanel, « Une victime de la Terreur, le vicaire général Merle de Castillon », Bull. hist. des paroisses de Lyon, 1926.
Pièces de poésie : « Le sommeil de Pan », s.d. (Ac.Ms127 f°194). – « De l’apologue », 1782 (Ac.Ms128 f°2). – « Le temps, ode », 1er mars 1791 (Ac.Ms158bis f°65).
Rapports : sur un bureau typographique de M. Éloi de la Brude, le 4 mai 1780 (avec Mathon*, Ac.Ms183 f°1 et f°6). – Concernant le sourd et muet de naissance instruit par l’abbé Margeron, 2 juil. 1782 (avec Colomb* et Barou*, Ac.Ms148 f°44). – Sur un nouvel élève sourd-muet de l’abbé Margeron (avec Colomb, Villers*, Barou, et Gilibert*, Ac.Ms148 f°37). – Compte rendu de l’assemblée publique du 1er mai 1783 (Ac.Ms267-I f°287). – Sur l’Essai sur les convenances grammaticales de la langue française de Roussel de Bréville, 1784 (avec Goy* et Jacquet*, Ac.Ms151 f°54). – Sur les sermons de Hugh Blair publiés par Frossard, 28 oct. 1786 (avec Gaudin*, Ac.Ms158bis f°175). – Sur un discours en vers sur les protecteurs des lettres envoyé de Port-au-Prince par M. Decueillon, 14 fév. 1786 (Ac.Ms127 f°48). – Lettre du 25 déc. 17[91] où Castillon se range à l’avis de Jacquet sur un nouveau programme pour le prix Raynal (Ac.Ms274 f°7). – Notes biographiques de la main de Castillon transmises à J.-B. Dumas*, s.d. (Ac.Ms270 f°86-98).
Ordonnance de monseigneur l’archevêque et comte de Lyon portant règlement pour le chapitre de l’Église primatiale, sur réquisitoire du promoteur, Lyon : Aimé de la Roche, 1773 (le réquisitoire, p. 1-40, est signé « Merle de Castillon, Promoteur »). Il est l’éditeur et le préfacier (p. iii-xxv) des Œuvres diverses de Charles Borde* (Lyon : Faucheux, 4 vol., 1783).