Marie Jacques Philippe Mouton de Laclotte est né à Montpellier, paroisse Notre-Dame-des-Tables, le 7 septembre 1769, fils de Jacques Mouton de Laclotte (il signe ainsi), seigneur de Saint-Vincent, d’Assas et autres lieux, conseiller à la cour des comptes, aides et finances de Montpellier, et de Jeanne de Serres. Parrain : Jacques Philippe Saint-Vincent, frère ; marraine : Jeanne Marie Catherine de Laclotte, sœur, qui épousera en avril 1782 Michel d’Isarn de Villefort, seigneur de Cornus. Bien qu’elle ait été dispensée (arrêt rendu à Versailles par le Grand Conseil le 13 septembre 1779) du payement du marc d’or dû par les nouveaux nobles, la famille doit apparemment sa noblesse héréditaire aux charges de la cour des comptes (conseiller en 1743, président en 1779) ; elle siège avec le second ordre en 1789 aux assemblées préparant les États généraux. Les armes sont « d’azur au mouton d’or ». Selon une pratique courante au xviiie siècle, il reçoit un nom de terre, et sera appelé Mouton de Fontenille ou Mouton-Fontenille.
Il fait ses études de médecine à Montpellier. Passionné de botanique, Il s’initie à cette discipline avec Antoine Gouan (Montpellier) et Jean Emmanuel Gilibert* (Lyon). Il a été professeur de botanique au lycée de Lyon en 1792, puis chargé de l’enseignement de l’histoire naturelle au lycée devenu impérial, avant d’être titulaire de la chaire d’histoire naturelle lors de l’établissement de la première faculté des sciences (1808-1815). Il a ouvert le 6 avril 1830 un cours particulier de botanique, 40 rue Gentil. Il a dirigé le muséum d’histoire naturelle de Lyon de 1816 à 1830. Il a beaucoup herborisé dans les Pyrénées, les Alpes, les environs de Lyon, et a découvert de nouvelles stations de plantes rares. Durant la Terreur il se réfugie en Dauphiné où il herborise avec Dominique Villars. Il a publié de nombreux mémoires sur la botanique, avec des observations nouvelles pour l’époque sur la répartition géographique des plantes ainsi que sur les phénomènes d’accommodation. Il assure la propagation des idées de Linné, dont il traduit en français le Species plantarum sous le titre Système des plantes, qui est réédité en 1809 avec le titre encore plus explicite de Linné françois.
Ultra royaliste, il publie en 1815 deux livres pamphlétaires en rapport avec Bonaparte ; on peut lire en introduction : « Mon intention en publiant cet écrit a été de ne désigner nominativement aucun personnage, mais je plains d’avance ceux qui se reconnaîtront dans la fidélité de mes tableaux ».
Il est mort à Lyon à son domicile 40 rue Gentil le 22 août 1837 ; déclaration de son voisin du 39, Luc Caffey, tailleur. Sur l’acte de décès, les mots Mouton de Fontenille sont rayés et remplacés en marge par Mouton de la Clotte.
Il a été membre de la Société royale des sciences avant la Révolution, puis en 1800 de l’Athénée, classe des sciences.
Il est aussi membre de celles d’agriculture de Lyon, de médecine de Lyon, de la Société linnéenne de Paris. Invité à prendre part à la fondation de la Société linnéenne de Lyon en 1822, il envoya un de ses mémoires, mais n’adhéra pas à la société. Il a été correspondant de plusieurs sociétés savantes (Société d’économie rurale du département du Vaucluse) ou littéraires.
Lors du transfert du « sauvage de l’Aveyron» de Rodez à Paris, sur ordre du ministre de l’intérieur Lucien Bonaparte, il a examiné l’enfant de manière approfondie, décrit son aspect et son comportement, dans une note qui devait être présentée à l’Académie le 20 thermidor an VIII [8 août 1800] et n’a pu être lue faute de temps. Il fait justice des rumeurs selon lesquelles l’enfant aurait une queue ou serait couvert d’une fourrure (tout en évoquant la question du chaînon manquant entre le singe et l’homme). Il fait état d’une hypothèse transmise par les accompagnants, selon laquelle il s’agirait d’un enfant abandonné par son père, notaire de son état, ses vices de conformation physique l’ayant rendu « odieux à ses parents » : ils l’auraient exposé dans les bois de Lacaune « dès l’âge le plus tendre » et auraient tenté de lui ôter la vie, d’où une cicatrice au cou « produite par un instrument tranchant ». À notre connaissance ce manuscrit est le seul document qui propose cette hypothèse sur un cas alors très discuté.
O. Meyran, « Un botaniste lyonnais méconnu. Mouton-Fontenille (1796-1837) », Ann. Soc. Linnéenne Lyon 80, 1837, p. 7-15. – A. Magnin, « Prodrome d’une histoire des botanistes lyonnais », Ann. Soc. Bot. Lyon 32, 1907, p. 53. – Pascal Duris, Linné et la France (1780-1850), Genève : Droz, 1993, 281 p. – Chr. Bange*, Le Muséum et les établissements lyonnais d’enseignement supérieur au xixe siècle, Acte Colloque « Histoire des collections », Lyon, 2007, 23 p. – Chr. Bange, « La réception de Linné et le mouvement linnéen à Lyon de 1750 à 1830 », Bull. mens. Soc. Linn. Lyon, hors-série n° 1, 2009, p. 41-59.
Ac.Ms159 f°1, avec Hénon, Discours sur l’art d’empailler les oiseaux, 1er pluviôse an 9, 18 p. – Ac.Ms219 f°26, Notice sur le sauvage du Département de l’Aveiron, 1800, 7 p. – Ac.Ms219 f°64, Observations sur le phoque, 1819, 8 p. – Ac.Ms219 f°42, Buynand des Échelles, Discours sur la traduction de Linné par M. Mouton-Fontenille.
Éloge de Joseph Dombey, médecin, botaniste du roi, par J. Mouton-Fontenille professeur d’histoire naturelle à l’Académie et au Lycée de Lyon, Bourg : Bottier, 1794, 57 p. – Tableau des systèmes de Botanique généraux et particuliers, Lyon : Leclerc libr., 1798, 212 p., et Lyon : Bruyset, 1801. – Tableau de concordance des genres d’un pinax des plantes européennes, Paris : Deterville, 1800, 95 p. – Avec Jacques Marie Hénon*, Observations et expériences sur l’art d’empailler et de conserver les oiseaux, Lyon : Bruyset, 1801, VI + 98 p. – Avec J. M. Hénon, L’art d’empailler les oiseaux, contenant des principes nouveaux et sûrs pour leur conserver leurs formes et leurs attitudes naturelles, avec la méthode de les classer d’après le système de Linné, Lyon : Bruyset, 2e édit., 1802, XVI + 283 p. – Dict. des termes techniques de Botanique, Lyon : Bruyzet, 1803, 444 p. – Système des plantes contenant les classes, ordres, genres et espèces, 5 vol., Lyon : Bruyset, 1804, t. 1, 532 p. ; 1805, t. 2, 467 p. ; 1805, t. 3, 648 p. ; 1805, t. 4, 518 p. ; 1805, t. 5, 114 p. + 44 p. – Observation sur la marmotte, Lyon : Yvernault et Cabin, 1808, 30 p. – Observations sur les différentes espèces de végétaux propres aux montagnes calcaires et granitiques des environs de Grenoble, Lyon : Leclerc, 1808, 30 p. – Coup d’œil sur la Botanique, Lyon : Yvernault et Cabin, 1810, XXXII + 79 p. – Traité élémentaire d’ornithologie, Lyon : Kindelem, 1811, 2 vol., 652 p. – Réponse à M. Louis Aimé Martin sur la critique du Traité élémentaire d’ornithologie, Lyon : Cabin, 1812, 64 p. – La France en délire, pendant les deux usurpations de Buonaparte, Paris : Saint-Michel, et Lyon : Guyot frères, 1815, 187 p. – La France en convulsion pendant la seconde usurpation de Buonaparte, Lyon : Boursy, 1815, 56 p.