Jean Paul Joseph Trilliat est né à Lyon 1er, 13 Grand’Côte, le 5 juillet 1853, fils cadet d’Ennemond Joseph Trilliat (Pont-de-Beauvoisin 1817-Lyon 1890), ouvrier en soie, commis négociant, qui participa à la première révolte des canuts et fit le coup de feu en 1831 sur les barricades, à l’âge de 16 ans, et de Catherine Comte (Lyon 1815-Lyon 1891). Le nom Trilliat sera transformé en Trillat par jugement du tribunal civil de Lyon, le 24 novembre 1904.
Il est mort à Lyon le 28 mars 1909, il était alors domicilié 2 rue Émile Zola.
Habitant alors 2 rue Tramassac avec ses parents, il se marie à Lyon 5e, le 27 mars 1877 avec Benoîte Marie Louise Dalmas, née à Lyon le 14 février 1855, décédée à Lyon le 10 novembre 1941, fille de Jean-Marie Dalmas, comptable, et de Marie Barnier, montée Saint-Sébastien. Ils habiteront 2 rue du Plat et auront quatre enfants, dont deux seront académiciens : Ennemond Marie Joseph, né à Lyon 5e le 20 mars 1878, décédé à Paris 15e le 4 février 1950, chef de cabinet du gouverneur en Indochine ; Paul*, né en 1879 ; Jeanne Marie Louise (1882-1978), épouse de Georges Doneaud ; et Ennemond*, né en 1890.
Après des études classiques au lycée Ampère à Lyon, il commence des études musicales tout d’abord avec des professeurs lyonnais : Mlle Tisseur – sœur des académiciens Jean et Clair Tisseur* –, et l’abbé Neyrat*, alors maître de chapelle de la Primatiale. Il entre, grâce à une bourse d’étude, au conservatoire de Bruxelles dirigé alors par le célèbre musicien Joseph Fétis précédemment professeur au conservatoire de Paris. Il y rencontre un autre lyonnais Charles-Marie Widor, dont il sera l’ami, et qui deviendra professeur au conservatoire de Paris et organiste de Saint Sulpice. Il aura comme professeurs à Bruxelles, outre Fétis avec lequel il étudie l’harmonie et le contrepoint, Brassin son maître de piano, Gevaert, successeur de Fétis, avec lequel il étudie la composition, Kufferath, Adolphe Samuel, et Alphonse Mailly pour l’orgue.
La guerre de 1870 interrompt ses études qu’il peut reprendre à Bruxelles grâce à une bourse de l’Académie accordée en 1871 par la fondation Ampère-Cheuvreux. Il revient à Lyon avec un grand prix d’orgue attribué en 1872 sous Mailly et est nommé en 1874 organiste de la primatiale Saint-Jean, poste qu’il occupera pendant trente ans. Il sera par la suite organiste de l’église Saint-François. Le talent d’improvisateur et la virtuosité impeccable de Paul Trillat le font alors considérer comme l’un des meilleurs organistes français. Il a été souvent chargé de l’inauguration de grandes orgues à Lyon, à Paris, à Dijon, à Senlis.