Jean-Noël Guinot est né le 26 décembre 1941 à Valence (Drôme), fils de Raymond Guinot, expert-comptable, et de Suzanne Sauvajon. Il fait ses études secondaires à Valence et ses études supérieures aux facultés catholiques de Lyon et à l’université de Lyon (devenue Lyon‑2). Il obtient une licence ès lettres classiques en 1964, un diplôme d’études supérieures sur Grégoire de Nazianze : Apologeticus de fuga (Discours 3) en 1965, passe l’agrégation de lettres classiques en 1968 et soutient en juin 1975 à l’université Louis Lumière Lyon 2 une thèse d’État intitulée : L’exégèse de Théodoret de Cyr d’après son commentaire « In Isaiam », avec dans son jury Jean Pouilloux* (directeur de thèse) et le père Claude Mondésert*. Il enseigne à partir de 1967 à Lyon, Montréal (Canada), Saint-Étienne, puis à Lyon au lycée Ampère (1975-1978), dans les classes préparatoires du lycée Édouard-Herriot (1978-1982), et il donne des vacations de grec aux universités Jean-Moulin Lyon-3 et Lumière Lyon-2 (1979-1988). En 1982, il entre au CNRS, dans l’équipe de l’Institut des Sources chrétiennes. D’abord adjoint au Père Dominique Bertrand* à la direction de la collection « Sources chrétiennes », il lui succède dans cette fonction en 1994. En 1999, c’est à la direction de l’Institut des Sources chrétiennes qu’il prend la suite du Père Bertrand, jusqu’en 2006. Son domaine de recherche concerne l’exégèse patristique grecque au ive et au ve siècle, celle d’Antioche et de Théodoret de Cyr en particulier, les rapports entre exégèse et débats doctrinaux au ve siècle (la crise nestorienne), du concile d’Éphèse (431) au concile de Chalcédoine (451).
Jean-Noël Guinot est élu le 11 décembre 2012 au fauteuil 1, section 1 Lettres. Il prononce le 18 novembre 2013 son discours de réception intitulé : Lire la Bible et lire Homère. Convergences et oppositions entre exégèse homérique et exégèse patristique. Autre intervention le 24 janvier 2012 : Le recours à la peinture dans le discours et l’interprétation biblique des premiers auteurs chrétiens ».
Dans la collection « Sources chrétiennes », aux éditions du Cerf, Paris, il a publié plusieurs volumes : Commentaire sur Isaïe, de Théodoret de Cyr, 3 vol. : 1980 à 1984. – La Trinité et l’Incarnation, de Théodoret de Cyr, 2 vol., 2015. – Avec Bernard Grillet*, L’homélie sur Babylas, de Jean Chrysostome, 1990. – Il prépare l’édition de L’exposé de la foi droite de Théodoret de Cyr, des Homélies sur les psaumes de Basile de Césarée, et des Lettres festales 26-30 de Cyrille d’Alexandrie.
Outre plusieurs autres ouvrages et actes de colloques, il est l’auteur d’une centaine d’articles.