Baptisé à Lyon à l’église Saint-Nizier, le 29 avril 1652, fils de Claude de Saint-Bonnet, marchand, et de Françoise Dupin. Parrain : Jean Fayard, marchand ; marraine : Isabeau Villan. C’étaient des « négociants fort riches » déclare Pernetti dans Les Lyonnais dignes de mémoire (1757). Il a un frère, Jean-Baptiste, qui sera lui aussi jésuite et architecte.
Il commence son noviciat jésuite le 12 janvier 1672 et apparaît comme professeur au collège de la Trinité en 1681. Il enseigne d’abord les humanités, la rhétorique, la philosophie, et enfin les mathématiques pendant ses dix dernières années. Dans ce but, il rédige deux ouvrages : l’un de géométrie et d’algèbre, l’autre de « philosophie » – entendue ici comme l’étude des sciences ; en effet, dans ce dernier ouvrage, il traite de la physique des corps, du ciel, des mouvements célestes nécessaires à sa compréhension et aux calculs, la physique du globe terrestre, de la médecine, des principes d’horlogerie et de l’arithmétique. Cet ouvrage contient des portraits de Zénon, Épicure, Démocrite, Archimède, Copernic ; quatre gravures incluses dans l’ouvrage – deux globes terrestres et deux globes célestes, dessinés par Nicolas Spirinx –, sont datés de 1610. On lui doit aussi deux ouvrages d’astronomie. Tous sont publiés en latin. Le second ouvrage est inclus dans le tome 2 du Cursus philosophicus.
Avant même la construction de l’observatoire, les jésuites de collège de la Trinité réalisent de nombreuses observations astronomiques. Le Père de Saint-Bonnet est membre correspondant de Cassini à l’Académie Royale des Sciences. Il coopère en effet avec lui en effectuant des travaux d’observation des éclipses et des comètes que Cassini utilise ensuite pour ses publications. Il fait partie d’un vaste réseau d’observateurs constitué principalement de jésuites basés en France mais aussi ailleurs dans le monde, en particulier en Chine. Ses observations portent sur les éclipses de Soleil (de 1666, 1684, 1686 et 1699), de Lune en 1685, et sur le passage d’une comète en 1681.
Dominique Cassini, lors d’un passage à Lyon, le persuade de créer un observatoire. Lorsque les jésuites du collège de la Trinité acceptent de le faire construire dans leurs bâtiments, c’est naturellement à Jean de Saint-Bonnet qu’ils en confient la tâche. En premier, il lui faut trouver des subsides. Pour cela, il fait appel au Consulat qui, en 1702, donne 2 000 livres. Son père dans son testament du 19 octobre 1679 attribue à son fils une rente annuelle de 3 000 livres, et décède le 14 août 1684 ; le fils utilise la rente pour l’édification de l’observatoire. Par ailleurs Jean de Saint-Bonnet lance une souscription. Le curé de la Guillotière donne 3 000 livres et plusieurs autres souscripteurs participent ensemble pour 4 000 livres. Au total, avec les 2 000 livres du consulat, une somme de 9 000 livres sera disponible, à laquelle s’ajoutent le legs et la rente du père de Jean de Saint-Bonnet. Les bâtiments siègent au-dessus de la chapelle de l’établissement. Les travaux sont terminés en 1703 : « il ne reste plus à faire que la menuiserie et autres ornements de l’intérieur » lit-on dans un compte rendu du Consulat. Surveillant régulièrement les travaux, Saint-Bonnet monte sur un échafaudage, une corde se rompt, il tombe au sol et se fracture la cuisse.
Il ne se relèvera pas de cet accident et décède à Lyon le 6 mars 1702 [acte non trouvé]. Pour Audin et Vial, c’est son frère Jean-Baptiste qui aurait eu cet accident.
Vers 1700, Claude Brossette* et Saint-Bonnet s’associent à cinq autres personnalités marquantes afin de se réunir et de discuter de belles lettres. En 1702, le père de Saint-Bonnet décède et Brossette part en voyage, ce qui interrompt le projet. Bientôt, les associés survivants reprirent leurs réunions et agrégèrent d’autres savants et, en 1709, l’intendant du Lyonnais M. de Trudaine institutionnalisa les réunions, augmenta les membres de cette société et fixa leurs réunions dans sa résidence.
Pernetti. – Dumas. – ADR D 260, pièce 3, fol. 85. – ADR D 18, 16 feuillets, pièce 1 : « Dépenses faites pour la construction de l’Observatoire depuis le mois de mars 1702 jusqu’en novembre 1703 » ; pièce 2 : « Résumé analogue dudit compte au premier juin 1703 » ; de la pièce 3 à 10, ce sont des quittances de différents artisans : tailleurs de pierre… – ADR D22 (legs Saint-Bonnet). – ADR D 257 pièce 1 p. 33 (subside des échevins). – AML Registres consulaires, BB 261 et 262. – Aloys de Backer, Bibliothèque de la Compagnie de Jésus, Louvain : Heverlé, 1960. – François de Dainville, « L’enseignement des mathématiques dans les collèges jésuites de France du xvie au xviiie siècle », Rev. d’Histoire des Sciences et de leurs applications 7, 1954, p. 6-21. – P. Delattre et H. Beylard, Les établissements des Jésuites en France depuis quatre siècles, 6 vol., Enghien : Institut supérieur de théologie, 1848-1986. – P. Pierre de Vregille, L’Observatoire de la Trinité à Lyon, 1906. – G. Guitton, Les jésuites à Lyon, sous Louis XIV, Lyon : La Procure, 1953. – J. Picot, Les jésuites à Lyon de 1604 à 1762, le Collège de la très saincte Trinité, Lyon : Aux Arts, 1995. – St. Van Damme, Sociabilité et cultures urbaines, Le rôle du collège de la Trinité à Lyon (1640-1730), Histoire de l’éducation. 2001, 90, p. 79-100. – St. Van Damme, Le temple de la sagesse : savoirs, écriture et sociabilité urbaine (Lyon, xviie-xviiie siècle), Paris : EHESS, 2005.
Cursus Mathematici, 2 vol., s.n., s.d. – Cursus Philosophicus, t. 1, 1685, 296 p. ; le t. 2 porte le sous-titre : Physicam tum generalem tum particularem utramque complectens, Lyon, 1689-1690. 374 p. ; ces cours ont été dictés par Jean de Saint Bonnet avant d’être imprimés. – Theses opticae, et astronomicae [authore Jean de Saint-Bonnet]. Has propugnabunt Joannes Baptista Thioly, Petrus Taillandier Lugdunenses. In aula Collegij Lugdunensis Sanctissimae Trinitatis Societatis Jesu. Die 18. Septembris... anno Domini M.D.C.XCIII. [Lyon: De l’imprimerie de Pierre Valfray, 1693] 50 p. – Figurae et tabulae, ad intelligentiam et supputationem motuum coelestium necessariae. Explicatae in tractatu de coelo dato Lugduni in Collegio Societatis Jesu, Lyon : s.n., 1689.