Il est élu titulaire le 13 juin 1911 au fauteuil 5, section 1 Lettres, sur un rapport de Camille Latreille* du 23 mai, qui l’a préféré à l’abbé Vachet, missionnaire chartreux. Son discours de réception lu le 26 mars 1912 est intitulé : Du Progrès des études d’histoire ecclésiastique lyonnaise depuis cinquante ans (MEM 13, 1913 ; Rev. d’histoire de l’Église de France 4, 1913, p. 647-655 ; et Lyon : Rey, 1912, 39 p.). En 1912, il est chargé du Rapport sur le prix d’éloquence, fait l’Éloge de l’abbé Noirot*, et en 1914 un Rapport sur le prix Pallias.

Jacques Gadille, « Jean-Baptiste Vanel et l’histoire ecclésiastique à Lyon au début de ce siècle », Rev. hist. de l’Église de France 71, 1985, p. 78-83.

Son œuvre, très vaste, ne concerne que l’histoire de l’Église : Histoire du Couvent des Minimes de Lyon, Lyon : Briday, 1879. – Éloge funèbre de M. l’abbé Joseph-Célestin Monnier, curé de Sainte-Blandine à Lyon, prononcé pour la translation et la déposition de son cœur dans la chapelle de l’Œuvre de la jeunesse de Saint-Étienne, le 12 juin 1881, Saint-Étienne, : impr. J.-E. Ménard, 1881, 32 p. – Sainte Thérèse de Jésus et la mère Marie-Thérèse : panégyrique prononcé le 15 octobre 1886 dans la chapelle de l’Adoration réparatrice, Paris : Féchoz, 1886, 38 p. – Les Débuts oratoires de Massillon à Lyon d’après des documents inédits, extrait de RLY 2, juillet-décembre 1886, Lyon : Mougin-Rusand, 1886, 64 p. – Sainte Thérèse de Jésus et la mère Marie-Thérèse, panégyrique prononcé le 15 octobre 1886 dans la chapelle de l’Adoration réparatrice, Paris : F.-J. Féchoz, 1886, 38 p. – Un Forézien digne de mémoire, Louis Jacquemin, prêtre, poète et historien de Saint-Genest-Malifaux, par un de ses compatriotes, Lyon, 1887, 53 p. – Les curés de Saint-Genest-Malifaux du xiv^e au xviii^e siècles, s.l., s.n. – Les Comités catholiques du département de la Loire, rapport lu dans la séance du 12 mars 1877, Saint-Étienne : impr. F. Forestier, 1877, 31 p. – Le R. P. Pététot, second instituteur de l’Oratoire, sa mort et ses funérailles, Paris : J. Gervais, 1887, 32 p. – Un confrère de Massillon au collège de Montbrison, le Père Jean-Joseph Maure, extrait de RLY 8, 44, août 1889, Lyon : impr. Mougin-Rusand, 1889, 31 p. – Monsieur l’abbé Auguste Caux : curé de la paroisse Saint-Germain-des-Prés, à Paris, Paris : Dumoulin, 1890, 30 p., portrait. – Mariage et vocation, deux discours prononcés par l’abbé J.-B. Vanel, Paris : impr. D. Dumoulin, 1893, 64 p. – Histoire de la Sainte Tunique d’Argenteuil : ms. inédit d’un bénédictin de Saint-Maur, Paris : Victor Havard, 1894, 296 p. – Les Bénédictins de Saint-Germain-des-Prés et les savants lyonnais d’après leur correspondance inédite, Paris : Picard, 1894, 379 p. – Les Bénédictines de Saint-Maur à Saint-Germain-des-Prés, 1630-1792. Nécrologe des religieux [...] de la congrégation de Saint-Maur décédés à l’abbaye de Saint-Germain-des-Prés, Paris : H. Champion, 1896, 412 p. – La doyenne des cloches d’Essertines-en-Donzy : lecture faite à la Société de la Diana dans la séance du 2 mars 1896, Montbrison : Impr. E. Bressart, 1896, 19 p. – Le Bourdon de Notre-Dame de Feurs : notes historiques, Saint-Étienne : Ménard, 1897. – Allocution adressée par Monsieur le Curé d’Essertines en Donzy à son Éminence le Cardinal Coullié, archevêque de Lyon dans sa visite pastorale, le 30 avril 1898, s.l., s.n., [1898]. – Une paroisse forézienne pendant la Révolution [Essertines-en-Donzy], Lyon : E. Vitte, 1898, 658 p. – Le Carême de 1699, conférence faite aux Facultés Catholiques, le 3 mars 1899, Lyon : E. Vitte, 1899, 31 p. – Saint-Nizier, panégyrique prononcé dans son Église pour sa fête patronale, le 16 avril 1899, s.l., s.n., [1899]. – Martyrologe de la sainte Église de Lyon : texte latin inédit du xiiie siècle, transcrit sur le manuscrit de Bologne et publié... par J. Condamin et J.-B. Vanel, Lyon : E. Vitte, 1902, XXXII + 177 p. – Oraison funèbre de M. le chanoine Pierre Villion, prononcée dans l’église de Couzon, le 29 janvier 1903, Lyon : Paquet, 1903, 24 p. – Le père Lacordaire, Mgr Affre et l’abbé Cottet : une lettre inédite, Lyon : E. Vitte, 1903, 13 p. – Un nouvelliste lyonnais à la fin du règne de Louis XIV, Lyon : E. Vitte, 1903, 32 p. – Un pèlerin lyonnais à Rome et Lorette en 1749 : biographie, relation [du voyage fait par M. Visse, directeur au séminaire de Saint-Irénée de Lyon], notes historiques, Trévoux : J. Jeannin, 1904, 85 p. – La rose d’or de la Primatiale Saint-Jean ; Une lettre inédite de Benoit XIV, Lyon et Paris : E. Vitte, 1904, 12 p. – Le cardinal Fesch et les Sulpiciens lyonnais, Lyon : E. Vitte, 1905, 39 p. - Le prône du deux brumaire an XI à Saint-Nizier : conférence prononcée le 9 mars 1906 aux Facultés catholiques de Lyon, s.l., s.n., 1906, 43 p. – Discours prononcé dans l’église Saint-Martin-d’Ainay, le 7 mars 1908, pour la fête de saint Thomas d’Aquin, Lyon : E. Vitte, 1908, 23 p. – Introduction avec Mgr Dadolle à : J.-B. Martin avec J. Armand-Calliat, L. Bégule, J. Beyssac, Dr J. Birot, A. Bleton, R. Cox, F. Desvernay, etc., Histoire des églises et chapelles de Lyon, Lyon : Lardanchet, 1908-1909, 2 + vol., XXVI + 372, 497 + p. – Préface-conférence à : Roland, légende héroïque en 3 tableaux et en vers. Musique de scène de Bernay [Saint-Étienne, 13 décembre 1908], Saint-Étienne, impr. J. Thomas, 1909, 100 p. – L’archevêché, Lyon : s.n., [1912]. – Le Culte de saint Joseph dans l’église Saint-Bonaventure, Lyon : E. Vitte, 1917, 48 p. – « Le premier conflit entre Fesch et Gonsalvi. L’affaire Vernègues », RLY 1921, p. 211-237 et 311-341. – Deux livres de comptes du Cardinal Fesch, archevêque de Lyon, Lyon : Audin, 1923, 123 p. – Un Stéphanois à la Cour de Louis XV : l’Abbé Courbon du Ternay, confesseur de Madame Louise de France, Lyon : Audin, 1929, 125 p. – En marge d’une vieille Bible, Saint-Étienne : Amitiés foréziennes, 1925, 40 p. – Le Maréchal Foch au Collège Saint-Michel : éloge funèbre du Maréchal, Saint-Étienne : Dumas, 1929, 26 p. – « Ronsard, prieur de Mornant », Araire, n° 122, automne 2000, p. 31-40.