Admis le 3 décembre 1878 au fauteuil 1, section 2 Lettres, sur un rapport de Tony Desjardins*, il dépose son discours de réception le 6 mai 1879 et le lit le 27 juillet 1880 : Recherches historiques et archéologiques sur le bouclier. Entre le dépôt et la lecture de ce discours, il a lu un mémoire sur le midi de la France le 17 juin 1879. En 1884, il projette de lire un article intitulé Une page de l’histoire de Lyon, depuis 1782 jusqu’en 1792. Les pennonages. Le contenu en sera présenté sous une forme un peu différente par Pariset* le 12 mars 1907, et publié dans les Mémoires. Léon Roux* et Étienne Journoud prononcent chacun un discours lors de ses obsèques.

Paul Desjardins, « Perret de la Menue, architecte en chef des Hospices de Lyon », lue le 4 décembre 1890, ASAA, 1889-1890 ; Lyon : Storck, 1892. – Ernest Pariset*, Un miniaturiste lyonnais, Émile Perret de la Menue, et l’album des pennonages, 12 mars 1907 (MEM 1909, et Ac.Ms310). – Audin et Vial. – Charvet.

Une page de l’histoire de Lyon, depuis 1782 jusqu’en 1792. Pennonages de Lyon, primitivement au nombre de trente-cinq et réduits à vingt-huit en 1746. Vingt-huit figures dessinées et enluminées, représentant les drapeaux de cette milice bourgeoise, avec les devises et les emblèmes de chacun des quartiers de la ville (Ac.Ms310). – Rapport de M. Desjardins pour l’admission de M. Perret de la Menue à l’Académie de Lyon, et énumération de ses publications littéraires, 33 titres (Ac.Ms310). – Notes préparatoires et manuscrits d’articles parus dans la RL (Ac.Ms361, 362, 363, 364).

Recherches sur les armoiries placées au-dessus de la porte principale de l’Hospice de l’Antiquaille et découvertes dans le mois de mai 1854, notice présentée à la Société académique d’architecture de Lyon le 7 février 1857, Lyon : Perrin, 1858. – Compte rendu des travaux de la Société académique d’architecture de Lyon pendant les années 1857 et 1858, Lyon : Vingtrinier, 1859. – Recherches historiques sur l’église du grand hôtel-Dieu de Lyon, Lyon : Vingtrinier, 1859. – Recherches historiques sur l’ancienne boucherie de l’hôpital de Lyon, Lyon : Perrin, 1860. – Éloge de Bernard Seitz, architecte, Lyon : Perrin, 1861. – Histoire du pont de la Guillotière et recherches sur les principaux faits qui s’y sont passés jusqu’à nos jours, Lyon : Vingtrinier, 1862. – Ferdinand Delamonce, Lyon : Vingtrinier, 1864 ; RLY 28, 1864, série 2, p.51. – « Recherches historiques et philologiques sur les girouettes chez les anciens et les modernes », Mémoires de la société littéraire de Lyon, 1865. – « Marsollier de Vivetières, lettres inédites », Mémoires de la société littéraire de Lyon, 1865. – « Recherches historiques sur le château du Perron à Oullins et sur les faits principaux relatifs aux familles qui le possédèrent », Mémoires de la société littéraire de Lyon, 1866 ; et Lyon : Vingtrinier, 1868. – Les moulins à blé chez les anciens et chez les modernes et particulièrement dans la ville de Lyon, Lyon : Vingtrinier, 1868. – « Greniers et fours publics en France : recherches historiques sur ceux de la ville de Lyon », Mémoires de la société littéraire de Lyon, 1868 ; et Lyon : Vingtrinier, 1869. – « Recherches historiques sur les bâtiments connus à Lyon sous le nom d’hôpital des Catherines, et plus tard, sous la dénomination d’Aumône générale et d’hôtel du parc », ASAA, 1875, et Lyon : Perrin, 1875. – « Chapitre détaché du récit d’un voyage en Espagne, de Madrid à Grenade en 1862 » (compte rendu de Desjardins, MEM 1879), ASAA, 1877. – Coup d’œil sur quelques villes du midi de la France, Orange (compte rendu de Desjardins, MEM 1879). – Recherches historiques et archéologiques sur le bouclier, Lyon : Giraud, 1880. – « Avignon », ASAA, 1880. – Coutumes romaines. Gourmandise chez les anciens ; cuisines et repas (MEM 1881-1882) ; et Lyon : Giraud, 1881. – « Avignon », ASAA, 2 novembre 1882. – Biographie de Tony Desjardins, Lyon : Perrin, 1883.

Agrandissement du château de Bellerive (29 quai Jean-Jacques-Rousseau, La Mulatière) pour les frères Périsse, vers 1843. – Église paroissiale de Pomeys (Rhône), 1855-1860. – Église paroissiale de Gex (Ain), 1858-1864.– Immeuble de rapport construit vers 1860, 23 rue d’Algérie, à l’emplacement de l’Hôtel du Parc (ancien hospice des Catherine) démoli en 1859. – Maison bourgeoise de Paul Brac de la Perrière (40 quai Jean-Jacques-Rousseau, La Mulatière), 1859. – Église paroissiale de Saint-Martin-Lestra (Loire) 1863 (à proximité du château de la Menue, Haute-Rivoire, acheté par son père vers 1813). – En tant qu’architecte adjoint de Dubuisson de Christot et grâce aux libéralités de l’impératrice Eugénie, en 1866-1867 il transforme en hôpital le château de Longchêne (Sainte-Eugénie, Saint-Genis-Laval) et aménage l’hospice du Grand Perron (Pierre-Bénite) ; ces deux établissements sont actuellement intégrés dans l’ensemble hospitalier Lyon-Sud. – Collège et hôpital de Gex, 1867-1868. – Hôtel de ville de Gex, 1869.

Il a en outre construit ou aménagé des maisons ou châteaux pour les familles Caquet d’Avaize (probablement les Pothières à Anse), Monterrad, Galtier, Favier, Ollivier, Leclerc de la Verpillière, Vespres, Bruneau-Desgaultières. Il entre à la société académique d’architecture de Lyon dès 1852. Il en est l’archiviste l’année suivante, puis secrétaire en 1857 et enfin vice-président. Émile Perret de la Menue a fait en outre œuvre d’historien, particulièrement sur Lyon et sa région. De 1862 à 1884 il fait partie de la société historique et littéraire de Lyon, dont il est élu président en 1869.