Né à Lyon (et non à Saint-Genis-Laval comme il est indiqué sur l’acte de mariage), le 16 décembre 1839, Pierre (seul prénom déclaré initialement) Combet est le fils (déclaré par l’accoucheuse, Sophie Lachaud) de Marie Combet, âgée de 25 ans, native de Lyon, tailleuse, fille de Marie Bonaventure Combet et d’Antoinette Gillet. Pierre Mathieu Aubert, né à Lyon le 21 décembre 1801, le reconnaîtra par acte notarié en date du 17 février 1844, et l’état civil l’enregistrera le 5 juillet 1844 sous les prénoms de Pierre François. L’enfant a été légitimé par le mariage des parents le 14 mai 1846. Il commence ses études de médecine à Lyon en 1860, et il est reçu major au concours d’Internat des hôpitaux de Lyon de 1863 (prix Bonnet 1863). Lauréat de l’École de médecine de Lyon, il eut pour maîtres d’externat Barrier*, Valette et Socquet, et pour maîtres d’internat Arthaud, Berne*, Chavanne, Gayet, Chappet, Delore* et Ollier*. Il soutient sa thèse de doctorat à Montpellier le 11 décembre 1867 (n° 73) sur le sujet : Du chancre intra-utérin (président Pr. Dupré). Chef de clinique chirurgicale en 1870, il est nommé sur concours du 23 novembre 1874 chirurgien major de l’Antiquaille, poste qu’il occupe de 1876 à 1893. Lors de la création de la faculté de médecine de Lyon en 1877, il occupe quelque temps les fonctions d’agrégé de chirurgie. L’école renommée de l’Antiquaille est la première école dermato-vénérologique de province ; aussi Aubert aura-t-il essentiellement une activité de dermatologue et de vénérologue à l’hôpital de l’Antiquaille et à l’hôpital des Chazeaux, son annexe. Le Pr Joseph Nicolas, un des derniers internes d’Aubert aux Chazeaux, se souvient de la « haute prestance, la réelle autorité, […] la bonté, un peu rude parfois mais indiscutable » de ce chef de service. Il se souvient « d’un excellent homme, patron bienveillant, dermato-syphiligraphe instruit, médecin consciencieux, chercheur et expérimentateur de bon aloi. » Ses travaux sont nombreux et ses recherches sont surtout d’ordre physiologique. Les travaux sur la sueur, menés pendant plus de vingt ans à partir de 1874, l’ont conduit à inventer une méthode pour recueillir les sudations imperceptibles sur des papiers réactifs très sensibles. Il découvre la transpiration imperceptible due aux glandes sudoripares, explique la moiteur, et analyse le rôle des glandes sudoripares comme appareils sécréteurs annexés aux organes du tact. De 1879 à 1883, il étudie l’influence des bains de mer sur la température du corps. En chirurgie, il est un des pionniers à appliquer le pansement de Lister et emploie avec succès l’injection préalable de morphine et d’atropine au cours des anesthésies. En vénérologie, il applique en précurseur la chaleur sur les chancres simples de manière à atténuer le virus et préconise l’application des bains chauds prolongés pour le traitement de certains chancres ulcéreux ou phagédéniques.
Il épouse à Lyon 2e le 23 août 1869 Marie Edite Françoise Stéphanie Teillard, née le 16 août 1848 à Rive-de-Gier, fille d’Étienne Teillard (Rive-de-Gier 1814-Lyon 2e 1897) – gérant de la Cie générale des verreries de la Loire et du Rhône, puis agent de change à la bourse de Lyon –, et de Marie Coutéat (née en 1818). Ils auront une fille, Marie Mathilde Marguerite (1870-1945), épouse Damour, et un fils, Élysée Paul Marcel, né en 1876. Parmi les témoins de mariage, on remarque la présence des chirurgiens majors de la Charité Auguste Dominique Valette, et de l’Hôtel-Dieu Antoine Desgranges*.
Ses qualités le font président de nombreuses sociétés savantes : Syndicat des médecins du Rhône, Association des médecins du Rhône. Il est membre fondateur de la société botanique de Lyon, membre de la société d’anthropologie de Lyon, membre de la société des sciences médicales de Lyon et de la société linnéenne de Lyon. Il est aussi membre du comité de rédaction du Lyon Médical, après avoir participé à sa fondation, de 1869 à 1915.
En 1901, il fait partie de la croisière en Méditerranée embarquée à Marseille et rapidement de retour en raison de cas de peste à bord. Une quarantaine au lazaret du Frioul fut l’objet de discussion à l’académie de médecine.
Condamné au repos par une affection cardiaque chronique, il écrit encore quatre volumes de vers avant de décéder le 24 juillet 1915 à son domicile lyonnais 33 rue Victor-Hugo, âgé de 75 ans. Il a été inhumé le 27 à Loyasse après un office à Ainay.
Ayant fait acte de candidature sans succès à la place de Molière* le 10 mai 1898, il renouvelle sa demande par lettre du 13 janvier 1903 ; il est élu le 2 juin en remplacement de Delore* au fauteuil 6, section 2 Sciences. Le 17 novembre 1903, il revient sur l’exposé fait à la séance précédente par Edmond Locard* sur l’utilisation des empreintes digitales dans l’identification des criminels, pour souligner que le « bertillonnage » conserve son intérêt. Le 21 juin 1904, il fait une recension de la littérature médicale en complément à l’exposé sur la radiothérapie fait par le docteur Vincent* le 14 juin, et celui-ci répond en exposant les résultats obtenus à Lyon dans le traitement des cancers. Il prononce son discours de réception le 22 novembre 1904 : Comment s’est créée, perdue et retrouvée la notion de la contagion de la tuberculose. Il intervient le 15 et le 29 janvier 1907 dans le cadre de la controverse relative à la loi Bérard sur le rétablissement des étangs en Dombes. Le professeur Bondet*, adversaire de cette disposition comme Crolas*, Arloing* et Lortet*, avait traité à l’académie le 20 novembre et le 4 décembre 1906 du danger d’épidémie de malaria lié à cette mesure. À son tour, le 15 janvier 1907, le docteur Clément* réfute les conclusions du docteur Passerat de Bourg, qui ne constate aucune recrudescence de la maladie. Aubert, convaincu depuis longtemps, défend le docteur Passerat et affirme la seule validité des études statistiques qui montrent l’absence de cas de paludisme. Président en 1908. Compte rendu des travaux de l’Académie pendant l’année 1908, lu dans la séance publique du 22 décembre 1908, 1909. Ses autres interventions portent sur : Le récit d’une excursion dans le Chianti entre Florence et Sienne (3 novembre 1908). – Une note philologique sur piano et pianiste (7 décembre 1909). – Sonnets et vers du docteur, présentés par Latreille* (6 février 1912). – Composition de 47 triolets sur autant d’acceptions du mot grain (11 mars 1913). – Le refrain en poésie (19 mai 1914).
A. Croze, M. Colly, M. Carle et J. Lacassagne : Histoire de l’hôpital de l’Antiquaille de Lyon. Lyon : Audin, 1937, p. 203-205. – Camille Latreille* : Éloge funèbre de M. le Dr Pierre Aubert (prononcé le 9 novembre 1915), Ac. Rapports 1915-1918, VII et Lyon : A. Rey, 1915, portrait, 8 p. – Mollard : Article nécrologique sur Pierre Aubert. Lyon Méd. 124, 1915, p. 249-255. – CROCO, album n° spécial consacré aux Chazeaux 4, 1932, p. 33-34.
Comment s’est créée, perdue et retrouvée la notion de la contagion de la tuberculose, MEM 1905. – Discussion sur le paludisme, MEM 1907. – Allocution de présidence, Ac Rapports 1905-1908. – Compte rendu des travaux de l’Académie… pendant l’année 1908, MEM 1910. – Éloge funèbre de M. Adrien Bondet. Ac Rapports 1909-1912.
Du chancre intra-utérin, Montpellier : Cristin, 1867, 38 p. – Expériences sur le mécanisme de l’effort, Lyon : Vingtrinier, 1870. – Influence des mouvements de l’utérus sur les vomissements de la grossesse, Lyon : Vingtrinier, 1871. – Nouveau procédé d’application des caustiques à l’amputation des membres et à l’ablation des tumeurs : gouttières caustiques flexibles, cautérisation par drainage, Lyon : Vingtrinier, 1872. – De l’action de la sueur sur quelques sels métalliques : considérations sur le rôle de la sueur et des glandes sudoripares, Lyon : Vingtrinier, 1874, 31 p. – De la cautérisation au nitrate d’argent aidé du contact du zinc métallique, Lyon : Ass. typogr. Riotor, 1875. – Du pansement de Lister, Lyon : Ass. typogr., 1875. – Deux observations d’herpès tonsurant chez des malades en cours de traitement pour un favus, Lyon, C. Riotor, 1876. – De la dilatation des sphincters et de l’extension des muscles, Lyon : C. Riotor, 1879. - De l’influence des bains de mer sur la température du corps. Lyon : C. Riotor, 1879 (prix Société de médecine de Lyon). – Un point d’hygiène scolaire. Les poux et les écoles. Lyon : Ass. typogr., 1879. – Variole et vaccine dans le service des enfants de l’Antiquaille. Lyon : C. Riotor, 1880. – De la réunion immédiate dans les adénites caséeuses et les abcès froids, Lyon : Ass. typogr. Riotor, 1880. – Des conditions que doit remplir un parasiticide pour le traitement des teignes, Lyon : T. Giraud, 1880, 31 p. – De la réunion immédiate dans l’opération du phimosis compliquant le chancre simple, Lyon : Ass. typogr., 1882. – Du chauffage des organes génitaux et des lésions vénériennes, Lyon : Ass. typogr., 1883, 7 p. – Anesthésies mixtes par l’éther, la morphine et l’atropine, Lyon : Ass. typog, 1883. – La Chaleur et le chancre simple, Lyon : H. Georg, 1883, 12 p. – Influence des bains de mer sur la température du corps. Physiologie des bains froids, Lyon : H. Georg, 1883. – De l’uréthrite bactérienne, Lyon : H. Georg, 1884, 7 p. – Sur l’état latent du début de la cystite blennorrhagique, Lyon : Ass. typogr., 1884. – Trois observations d’ophtalmie blennorrhagique atténuée, Lyon : Ass. typogr., 1884, 16 p. – Recherches sur la blennorrhagie: des injections uréthrales dans la blennorhagie, de la biennocèle, blennorrhagies de famille, Lyon : Asso. typogr., 1886, 24 p. – La sueur et le sens du tact, Lyon : Ass. typogr., 1886, 8 p. – Les sources de la vallée basse de l’Ain, exposé du projet Michaud..., note lue à la Société Nation. Méd. Lyon, Lyon : Ass. typogr., 1886, 8 p. – Sur la réaction du pus blennorrhagique, Lyon : Ass. typogr., 1887. – Méthode de recherche des microbes de l’urine, Lyon : Ass. typogr., 1887. – Daniel Mollière chirurgien major de l’Hôtel Dieu. Ses travaux, sa vie, sa mort et ses funérailles, Lyon : Ass. typogr., 1890, 48 p. – Déglutition de l’air atmosphérique. Lyon : Ass. typogr., 1891. – Le vin et la chanson, Lyon : Ass. typogr., 1901, 8 p. – Les poésies de convalescence, Lyon : Ass. typogr., 1908, 44 p. – Sonnets, vers et quatrains, Lyon : Rey, 1911, 144 p. – Sonnets et vers du Docteur, Lyon : Rey, 1912, 128 p. – Les Grains : triolets Jeux Floraux, Toulouse, Lyon, Provence, leurs fleurs, Lyon : Rey, 1913, 95 p. – Triolets de guerre, Lyon : Rey, 1914, 34 p. – Inauguration à Uriage d’un monument au docteur Doyon, [Lyon] : s.n. – Traduction du texte de Hans Hebra : De l’emploi du raclage dans les maladies de la peau, Lyon, 1876, 8 p.