Jean-Pierre Gutton est né le 18 février 1937 à Lyon, fils de Marius Gutton, expert-comptable, et de Germaine Massendès, institutrice. Il fait ses études supérieures à l’université de Lyon de 1955 à 1961, et obtient la licence, la maîtrise, puis l’agrégation d’histoire, et suit les cours de 1re année de l’Institut d’Études politiques (mention bien). Il est nommé en 1961 professeur au lycée Claude-Fauriel de Saint-Étienne. Avec une interruption de 18 mois pour son service militaire, il enseigne dans les deux cycles et a en charge les interrogations en classes préparatoires. Il revient à la faculté des lettres de Lyon en 1966 comme assistant d’histoire moderne, puis maître-assistant en 1969. Il est docteur de 3e cycle en 1967 avec pour sujet : « L’État et la mendicité dans la première moitié du xviiie siècle : Auvergne, Beaujolais, Forez, Lyonnais » (publié à Saint-Étienne en 1973, Grand prix de la Société d’Histoire des Hôpitaux). Il soutient sa thèse de doctorat ès lettres le 15 mai 1970 sur « La société et les pauvres : l’exemple de la généralité de Lyon (1534-1789) » (Paris : Belles-Lettres 1991 ; réédition Champion 2017 ; Prix Broquette-Gonin de l’Académie Française 1972). Il succède en 1972 au doyen André Latreille* comme professeur d’histoire moderne à l’université Lumière Lyon‑2. Il est professeur de classe exceptionnelle, et en 1997, membre senior de l’Institut universitaire de France. De 1983 à 1988, il dirige le Centre d’histoire religieuse André-Latreille*. Il est l’auteur de nombreux ouvrages (19 en son nom, 19 en collaboration) et a publié plus de 100 articles, communications ou notices dans divers ouvrages. Ses travaux se répartissent en quatre séries principales : l’histoire des pauvres à l’époque moderne ; l’histoire des hôpitaux ; la convivialité dans le monde rural et la sociabilité villageoise ; l’histoire de Lyon et de sa région. Il a participé à l’enseignement dans plusieurs universités étrangères (cours, séminaires, conférences) : Suisse (Genève, Bellinzona, Sion, professeur invité à Neuchâtel), Grande Bretagne (Brighton), Pologne (Lodz), Italie (Florence), Allemagne (Wolfenbütel), Belgique (Bruxelles, Louvain et Louvain-la-Neuve), États-Unis (Los Angeles, Providence [Rhode Island]), Canada (Montréal, Québec, Moncton, Ottawa), Mexique (Mexico), Tunisie (Tunis).
Membre de la Société historique, archéologique et littéraire de Lyon depuis 1968, il la préside en 1997-1998 et en 2006-2007.
Sur le rapport de Marcel Pacaut*, Jean-Pierre Gutton est élu le 3 juin 1997 au fauteuil 5, section 2 Lettres. Son discours de réception, le 19 mai 1998, présente « L’Histoire de la protection sociale (de 1500 à 1948) » (MEM, 53, 1999). Autres interventions : 31 mai 1994, « Histoire de l’adoption en France » (MEM 49, 1995) ; 2002, « Éloge funèbre de Marcel Pacaut* » (MEM 2, 2003) ; 17 septembre 2002, « Histoire des pères et de la paternité » (Ibidem) ; 16 novembre 2004, « La France et ses vieillards (vers 1500, vers 2000) » (MEM 4, 2005) ; 4 janvier 2007, « L’avenir de l’histoire » (MEM 7, 2008) ; 20 novembre 2007, « Histoire de la famille avant le code civil » (Ibidem) ; 13 octobre 2007, « Visite à la crypte des martyrs à Lyon » (Ibidem) ; 1er octobre 2013, « L’identification des Français du Moyen Âge à nos jours » (MEM 13, 2014). Jean-Pierre Gutton a présidé l’Académie en 2007, après avoir rempli les fonctions d’archiviste adjoint pendant quelques années.