Il est né le 4 décembre 1825 à Lyon, où son père, Georges Louis Saint-Lager (Saint-Symphorien-d’Ozon 1802-Lyon 1861), et sa mère, née Claudine Pitiot (Éveux [Rhône] 1805), exercent la profession de maîtres d’hôtel (aubergistes, 4 rue Paradis, act. rue David-Girin). Son grand-père était traiteur à La Guillotière. Sa mère à son mariage était tailleuse. Témoins à la déclaration : Antoine Berger, chapelier dans la même rue, et Denis Camus, propriétaire place des Célestins.
Il fait des études classiques au lycée de Lyon, bachelier ès lettres en 1843 et bachelier ès sciences l’année suivante. Il commence alors des études médicales à Lyon, est reçu interne en 1845, et soutient sa thèse à Paris sur les tumeurs mélaniques en 1850. Il se marie à Lyon 2e le 27 mai 1852 avec Marie dite Frisette Josserand, née le 24 mai 1828, fille de Benoît Josserand, marchand fabricant de couvertures, et de Jeanne Régny, tante de Catherine Josserand, épouse de Louis Josserand*. Il habite alors avec ses parents, 7 cours de Brosses (act. cours Gambetta). Il exerce sa profession pendant une douzaine d’années à Lyon dans le quartier de Perrache, où il est également médecin du dispensaire général (1855-1861) et médecin de la Société de secours mutuels des ouvriers de la soie. La symbiose de ses goûts pour la médecine, la chimie et la biologie, l’oriente vers l’étude des « causes du crétinisme et du goitre endémique » sur lesquelles il publie en 1867 un mémoire qui lui vaut un prix de l’Académie de Médecine. Il est amené par la suite à étudier l’influence que la constitution du sol exerce sur l’homme et les animaux et est ainsi conduit à entreprendre l’étude de la botanique sur laquelle il publie de nombreux travaux, particulièrement des comptes rendus d’herborisations qu’il fait entre 1868 et 1890 principalement en Savoie, Dauphiné, Bugey, Auvergne, Suisse. En raison de sa compétence, il est chargé par la Société botanique de Lyon de publier un Catalogue des plantes vasculaires de la flore du bassin du Rhône, puis de donner une édition revue de la Flore de l’abbé Cariot, qui sera pendant près d’un siècle le vade-mecum des botanistes herborisant dans la région lyonnaise. En 1882 il est nommé membre de la commission chargée d’étudier diverses questions d’hygiène urbaine (cimetières, eaux potables). Parallèlement à ses activités scientifiques, sa carrière est administrative comme attaché aux bibliothèques de la ville de Lyon et chargé de leurs inspections. Il profite de ces fonctions pour publier plusieurs importants mémoires sur l’histoire des sciences naturelles.
Il est décédé à Lyon le 29 décembre 1912 ; après une cérémonie dans l’église Saint-André, il est inhumé le 31 au cimetière de la Guillotière.
Officier d’académie par décret du 31 décembre 1888.
Élu membre titulaire de l’Académie de Lyon le 7 juin 1881, au fauteuil 7, section 2 Sciences, il est proposé immédiatement comme bibliothécaire-archiviste.
Il est nommé, par arrêté municipal, bibliothécaire du palais des Arts, puis est chargé en 1889 de l’inspection des bibliothèques d’arrondissements.
Membre de la Société linnéenne de Lyon en 1868, trois fois président en 1881, 1888 et 1893. Il a été un des fondateurs de la Société botanique de Lyon en 1872, puis quatre fois président en 1875, 1892, 1896 et 1902 ; membre de la Société d’agriculture, histoire naturelle et arts utiles de Lyon en 1875, nommé bibliothécaire adjoint, puis titulaire en 1880.
S. Barlatier de Mas, Allocution prononcée à l’occasion des funérailles de M. le Dr Saint-Lager, Lyon : Imp. Rey, 1913, 12 p. – C. Roux* et O. Meyran, « La vie et les travaux du Docteur J.B. Saint-Lager », Ann. Soc. Bot. Lyon 38, 1913, p. 3-39.
Voir liste complète de ses travaux dans Roux & Meyran (1913). Citons : Études anatomiques et chimiques sur la Mélanose, thèse Paris, 1850. – Études sur les causes du crétinisme et du goitre endémique, Paris : Baillère, 1867, 488 p. – « Herborisation dans la vallée du Garon », Ann. Soc. Bot. Lyon 1872, p. 80-81. – « Herborisation à Tenay », Ann. Soc. Bot. Lyon 1874, p. 88-91. – « Plantes de la Savoie nouvelles pour la France », Ann. Soc. Bot. Lyon 1874, p. 4-10. – « Notice sur la végétation de la forêt d’Arvières et du Colombier du Bugey », Ann. Soc. Bot. Lyon 1875, p. 128-141. – « Étude de l’influence chimique exercée par le sol sur les plantes », Ann. Soc. Bot. Lyon 1876, p. 50-84. – « Observations sur la distribution géographique des Digitales », Ann. Soc. Bot. Lyon, 1877, p. 122-126. – « Sur le Potentilla clementi Jord. », Ann. Soc. Bot. Lyon 1881, p. 331-332. – « Des origines des Sciences Naturelles, suivies de remarques sur la Nomenclature zoologique », discours de réception lu dans la séance du 11 juillet 1882, MEM 26 1883, p. 27-161. – Catalogue des plantes vasculaires de la Flore du bassin du Rhône, VIII+ 886 p., Lyon, 1883. – « Histoire des Herbiers », Ann. Soc. Bot. Lyon 1885, p. 1-121. – Etude des fleurs, Botanique élémentaire, descriptive et usuelle, par l’abbé Cariot, 8e édit., 1889, revue et augmentée par Saint-Lager, 3 vol., Lyon. – « La perfidie des homonymes. Aloès purgatif et bois d’Aloès aromatique », Ann. Soc. Linn. Lyon 49, 1902, p. 83-95. – « À propos d’acclimatation d’espèces nouvelles dans une région donnée », Ann. Soc. Bot. Lyon 32, 1907, p. 49. – « Nouvelle station d’Ambrosia artemisifolia en Beaujolais », Ann. Soc. Bot. Lyon 33, 1908, p. 17.