Jean Emmanuel est né à Lyon, paroisse Saint-Nizier, le 19 juin 1741. Son grand père était imprimeur-libraire à Valence ; son père Claude Gilibert, négociant drapier, est marié à Agathe Geminiani ; son parrain est Jean Emmanuel Bouvier marchand drapier, sa marraine Jeanne Grand épouse de Charles Odile Geminiani, bourgeois (l’acte de naissance porte Gillibert avec deux -l-, mais la signature de son père n’en a qu’un). Il mourra à Lyon d’une attaque d’apoplexie, le 2 septembre 1814 à son domicile 12 rue Saint-Marcel : témoins Claude Sioneste rentier et Jean Baptiste Louis Morel médecin.

  Il raconte avoir passé ses premières années à la campagne. Il a un frère aîné, Jean, aussi sa famille souhaite-t-elle le voir se vouer à la vie religieuse, mais il préfère la médecine et il rejoint Montpellier en 1760. Bachelier le 24 février 1763, licencié le 2 juillet et docteur en médecine le 5 août 1764, il revient alors dans la région lyonnaise, et d’abord à Chazay-d’Azergues pour mieux étudier la botanique, et où il épousera Jeanne Baudot (Bodot). Il aura au moins une fille, Pierrette Sophie, née à Lyon le 21 novembre 1774, épouse le 2 floréal an XIII de Benoit Fortuné Biferi, étudiant en droit, et un fils, Stanislas Auguste Joachim Gilibert, né à Grodno (alors résidence des rois de Pologne ; auj. en Biélorussie), médecin (cité plus loin). Sa vie va se dérouler selon trois axes : la médecine puisque c’est sa carrière, la botanique puisque c’est sa passion, enfin la politique en un seul épisode, mais dramatique.

  La médecine : les études médicales terminées avec une thèse sur Les pouvoirs de la nature sur la guérison des maladies, Gilibert s’installe à Lyon et, en 1768, est agrégé au Collège de médecine, chargé d’enseigner la botanique. Il publie en 1770 Les chefs-d’œuvres de Monsieur de Sauvages, ou recueil de dissertations..., sous le pseudonyme transparent de J. E. G***, médecin de Montpellier, agrégé et professeur de botanique au collège de Lyon. En 1772, il publie, à Neuchâtel, en 3 volumes, L’anarchie médicinale ou la médecine considérée comme nuisible à la société : l’ouvrage suscite, à l’évidence, quelques polémiques plus ou moins vives. Il insiste sur les mesures d’hygiène ou sur l’alimentation ; il analyse les tares du système de santé : charlatans, sages-femmes illettrées, rabilleurs (luxation, foulure), herboristes, droguistes, pharmaciens des couvents, etc. Ce livre contribue à accroître son amitié avec Albrecht von Haller (Albert de Haller, 1708-1777), Suisse de Berne, célèbre médecin, et aussi botaniste, qui enseigna à Berne puis à Göttingen où il créa le jardin botanique (certains biographes le disent allemand !).

  En 1775, sur recommandation de son ami Haller, Gilibert part en Pologne comme premier médecin du roi Stanislas II (Stanislas Auguste Poniatowski, dernier roi de Pologne, grand-duc de Lituanie). Il va y rester huit années. Il organise d’abord l’École royale de médecine de Grodno dont il assure le fonctionnement comme directeur, et il lui adjoint un jardin botanique. En 1781, l’école de Grodno ferme pour des raisons financières, et Gilibert devient professeur de matière médicale, d’histoire naturelle et de botanique à l’université de Vilnius, où il crée également un jardin botanique. Il est aussi inspecteur général et directeur des hôpitaux de Lituanie. Le Muséum national d’histoire naturelle conserve les lettres de Gilibert à Antoine Laurent de Jussieu. L’une d’elles, écrite le 23 octobre 1777 de Grodno, raconte : « J’ai eu des facilités d’établir un jardin botanique qui le dispute pour le choix des plantes et leur nombre avec celui de Montpellier ». Plus loin, il parle de la botanique : « J’ai sérieusement travaillé à déterminer les plantes de Lithuanie, aidé par 24 élèves […] notre flora offre déjà 900 espèces » ; mais il agit comme un naturaliste complet sur le terrain car il dit : « Les insectes ont été collectés avec le même soin […] nous en avons déjà 800 espèces sûres ». La lettre demande aussi l’envoi de graines. Une autre lettre – à Louis Vitet* –, dont une copie est jointe à cette missive, décrivait la visite du roi à Grodno et faisait référence à un double cadeau royal : pour lui, les douze volumes de la Flora Danica, et une robe de grand prix pour Mme Gilibert. Fin 1783, il quitte brusquement la Lituanie, car les incidents étaient fréquents avec les autres professeurs, pour la plupart jésuites ou Polonais, alors que Gilibert était disciple de Rousseau. On avait tenté de l’empoisonner (sans doute un Français, amant de sa femme ?) et il n’avait dû son salut qu’à son préparateur de botanique, Onofrius Orlowski. Son fils, Stanislas Auguste Joachim Gilibert *, né le 11 décembre 1780 à Grodno, a pour parrain le roi de Pologne.

  En 1784, il est nommé professeur au Collège de médecine et médecin de l’Hôtel-Dieu de Lyon, poste qu’il occupera jusqu’en 1789. Il devient aussi médecin en chef pour les épidémies de la province Lyonnais-Forez-Beaujolais. Dès 1784, il fait publier Plan du travail arrêté par M. l’Intendant de Lyon relativement au traitement des maladies populaires (50 pages). Le plan comporte 4 médecins affectés à 4 secteurs géographiques ; chacun doit être prévenu si trois malades au moins sont repérés dans une commune, les médicaments étant préparés à Lyon ; il faut que le médecin examine le site du village, les eaux, la terre, les brouillards, la nourriture ; mais il doit aussi tenir les statistiques des décès.

  On retiendra qu’en 1784 Gilibert présente devant la Société d’agriculture de Lyon un Tableau de l’économie rurale en Lithuanie qui sera publié plus tard, en 1806, dans son Histoire des plantes d’Europe…, document précieux sur la vie des paysans (cf. A. Parent 2014).

  À Montpellier, lors de ses études, Gilibert s’était intéressé à la théorie du vitalisme de Barthez dont il parle dans son Anarchie médicinale ; en Pologne, il avait lu l’ouvrage de Mesmer sur le magnétisme animal de 1779 et, à son retour, il publie Aperçu sur le magnétisme animal ou résultat des observations faites à Lyon (1784). Ce qu’on désignait sous le terme de « magnétisme animal » était une thérapie, mais Gilibert n’acceptant jamais une théorie sans garder son esprit critique on peut le considérer comme opposé au mesmérisme.

  Après 1795, la médecine semble loin des activités de Gilibert, et pourtant il avait poursuivi son exercice comme en témoignent une consultation de 1796 et surtout quatre cahiers manuscrits d’observations cliniques entre 1800 et 1807. L’administration ne l’oublie pas non plus : en 1796, il est chargé avec le docteur Collomb d’expertiser un remède « infaillible » contre les fièvres intermittentes. En 1798, avec Aimé Martin*, il établit un rapport sur les maladies épidémiques qui n’est pas sans rappeler son fameux Plan de travail de 1784. En 1804, il est nommé au jury d’examen pour le grade d’officier de santé. Il ne faut pas non plus oublier qu’il participe à la création de la société de Médecine dont il sera le secrétaire perpétuel, et Marc-Antoine Petit* écrit en 1809 :

  En vain l’on appela ce savant renommé

  Respecté dans Lyon, de la Pologne aimé,

  Qui pendant soixante ans de travaux et de gloire

  Soulagea nos douleurs, en écrivit l’histoire,

  Et qui, nouveau Linné, apprit à nos climats,

  Le prix des végétaux qui naissent sous nos pas.

  La botanique : après la fermeture de l’École de Grodno, Gilibert, naturaliste de renom, vient occuper la chaire d’histoire naturelle créée pour lui à Vilnius : il aura créé un jardin botanique dans chacune de ces villes. En 1781-1782, Gilibert publia les cinq tomes de sa Flora Lituanica, ouvrage dans lequel fut recensée pour la première fois la flore de Lituanie. Depuis il est considéré comme le « père de la botanique lituanienne ».

  En France, à partir de 1784, dans le plan de surveillance des maladies de la province, il demandait aux quatre médecins de lui envoyer plantes, animaux et fossiles, avec le lieu précis de la découverte, voire de constituer un herbier de toutes les plantes à usage thérapeutique, ce dont il voulait bien se charger ainsi que de leur donner des leçons de botanique pratique. La botanique reste son domaine privilégié de recherche et il herborise pendant plus de vingt années autour de Lyon, notamment dans son domaine de la Carette, chemin de Margnoles à Caluire, acheté au séminaire de Saint-Irénée. Il y est voisin de sœur Louise Vialis, directrice de la pharmacie de l’Hôtel-Dieu, propriétaire du domaine du Grand Biché, qu’elle léguera à l’un de ses neveux de Boissieu. La Carette a appartenu de 1862 à 1902 à Théodore Aynard*. Il est à l’origine de la création du jardin botanique des Brotteaux (Loge de la Parfaite Harmonie, 1773-1774), puis au clos de la Déserte (Jardin des Plantes, 1795) dont il assure la direction de 1795 à 1800, puis de 1804 à 1808.

  Entre 1785 et 1787, il publie à Vienne sept volumes sous le titre général de Systema plantarum Europae, qui est la reprise du Species plantarum de Linné, auquel il ajoute la Philosophia botanica et une large part des thèses de ses élèves suédois (Amoenitates academicae). Mais ce n’est pas une simple réédition : Gilibert effectue un tri, ne gardant que les plantes d’Europe ; de plus il annote le texte, et il lui ajoute la Flora delphinalis de Villars ainsi qu’une nouvelle version de sa Flora lituanica. En 1792, il complètera cet ensemble par un supplément, sous le titre Exercitia Phytologica, qui sera entièrement personnel. En 1787, Gilibert publie aussi la 3^e édition de l’ouvrage de Claret de La Tourette et Rozier, Démonstration élémentaire de Botanique, destiné aux élèves des écoles vétérinaires, et auquel il avait collaboré (il en sera de même pour la 4^e édition de 1796).

  Gilibert n’a pas perdu sa passion pour la botanique. En 1798, il publie son œuvre majeure : Histoire des plantes d’Europe… en 2 volumes (rééditée en 3 volumes en 1806). L’ouvrage décrit 1 998 plantes : 1 700 pour la France, les autres pour l’Europe et quelques-unes exotiques car utiles ou cultivées ; il est conçu, avant tout, comme un manuel pratique d’herborisation, centré sur les plantes les plus communes. La moitié des espèces comporte une figure de petite taille : illustrations reprises du livre lyonnais du xvii^e siècle appelé Petit Bauhin [auteur inconnu, sans doute Jean-Baptiste Deville, libraire], dont les gravures venaient d’ailleurs d’un ouvrage de Mattioli de 1561. Les plantes de la région lyonnaise sont privilégiées, ainsi que celles de Lituanie, mais toujours avec des références européennes.

  La politique : à partir de 1793, Gilibert n’aura plus le loisir de penser à la science. Élu le 5 décembre 1792, le maire de Lyon Antoine Nivière-Chol démissionne le 9 février 1793 ; il est réélu le 18, mais il refuse car il avait quitté la ville. La nouvelle élection a lieu le 24 février : Bertrand, associé et ami de Chalier, obtient 4 305 suffrages contre 3 613 à Gilibert. Dès le lendemain, celui-ci est incarcéré sur ordre du procureur Laussel, qui avait suscité contre lui deux faux témoignages (les dénonciateurs se rétracteront le 20 mars), au motif de contre-révolutionnaire. Le 27 février, nouveau scrutin : sur 11 686 votants, 5 741 voix pour Bertrand et 5 898 pour Gilibert qui est élu, mais en prison ! Le Conseil général soumet son cas à la Convention, alors que Gilibert publie une proclamation : Jean Emmanuel Gilibert à ses concitoyens (12 p.), où il réfute toutes les accusations portées contre lui, démontre tous les manquements aux lois et à la procédure, et affirme sa loyauté. Le 2 mars, arrivent trois commissaires de la Convention qui, au lieu de le faire libérer, font pression pour qu’il démissionne. Harcelé, plongé dans un cachot, se sentant abandonné, Gilibert finira par démissionner le 4 mars contre une promesse de libération. Le 3 mars, son frère avait écrit en sa faveur, puis le 6 il demande sa libération ; le 23, sa femme sollicite en vain sa libération. Comme la Convention avait publié un décret en date du 3 mars stipulant que les crimes et délits commis à Lyon les 18 et 19 février seraient jugés par le tribunal de Saône-et-Loire, les détenus dont Gilibert sont transférés à la prison de Mâcon le 11 avril. Les pièces du dossier n’étant pas parvenues, en dépit des réclamations et des promesses, tous les détenus sont libérés le 5 mai. Ensuite, Gilibert ne semble pas avoir participé à la révolte du 29 mai. Mais lorsque les députés de Rhône-et-Loire se réunissent le 30 juin pour créer le Comité populaire et de salut public, c’est lui qui est élu président ; il prononce un discours qui sera imprimé en 1899 par Guigue*. Lors de la fête du 14 juillet il dit que « le peuple de Rhône-et-Loire résisterait de toute sa force à la réintégration de toute espèce de tyrannie, sous quelque dénomination qu’elle osât se présenter ». À terme, il est remplacé par Rambaud, puis celui-ci par Richard, puis Gilibert redevient président et le restera jusqu’à la débâcle, les 9 et 10 septembre. Profondément républicain, il se sera dévoué de toutes ses forces à la rébellion. À la fin du siège, Gilibert peut s’enfuir vers le Sud et, pendant 18 mois, il va vivre une vie de proscrit et d’errance, en particulier dans les Cévennes. On dit même qu’il fera deux tentatives de suicide. Son frère Jean, condamné, est guillotiné le 8 décembre 1793. On trouvera beaucoup plus de détails sur l’épisode politique de la vie de Gilibert dans le grand article que lui a consacré Jean Rousset* en 1962 ; à noter que, dans le livre 24 maires de Lyon pour 2 siècles d’histoire (1994), sous la plume de Bruno Benoît, Bertrand bénéficie de huit pages, sans qu’apparaisse le nom de Gilibert, et avec des résultats d’élection faux.

  En Lituanie, une rue de Kaunas porte son nom ; à Vilnius, la rue Piliès (Pilies gatve) porte une plaque indiquant que Gilibert a créé le jardin botanique. En Biélorussie il a sa statue à Grodno. Enfin, le programme d’échanges de scientifiques entre la France et la Lituanie s’appelle le « programme Gilibert ».