La bibliothèque de l'Académie comprend des ouvrages imprimés et manuscrits. Les fonds proviennent essentiellement de l'activité elle-même de la compagnie, de dons de ses membres et amis, mais peu d'achats.
L'académie actuelle résulte de la fusion de deux sociétés savantes d'Ancien Régime. L'Académie des sciences et belles-lettres (1700-1758) ne possédait que peu d'ouvrages imprimés. Les registres manuscrits des séances sont conservés à partir de 1714, mais non les mémoires manuscrits lus dans les assemblées. L'Académie des beaux-arts (1713-1758) a au contraire essayé de conserver systématiquement les livres et brochures publiées par ses membres; son secrétaire, Jean-Pierre Christin, s'en occupait personnellement en tant que "bibliothécaire perpétuel". Toutefois, cette compagnie, née pour la défense et illustration de la musique, a scindé ses activités, à partir de 1736, entre la musique et les sciences; la bibliothèque de l'Académie ne conserve aujourd'hui que les ouvrages relatifs à la seconde activité, c'est la Bibliothèque municipale (BM) de Lyon qui conserve les livres et partitions de musique. En revanche, tant les registres manuscrits des séances que les mémoires lus ont été rassemblés avec soin et sont toujours gardés précieusement. D'autre part, un effort constant a été fait pour inciter les membres titulaires (lyonnais) et associés (résidant ailleurs) à envoyer leurs travaux.
Quand les deux compagnies ont fusionné pour donner l'Académie des sciences, belles-lettres et arts (1758) et jusqu'à la suppression de toutes les académies (1793), c'est la politique de l'Académie des beaux-arts qui est devenue la politique commune.
Il convient d'ajouter que, par testament, Pierre Adamoli (1703-1769) a fait don à sa mort d'un fonds impressionnant d'imprimés et de manuscrits (sans compter des médailles et autres œuvres). Après de multiples péripéties au cours de la décennie soixante-dix du XVIIIe siècle, ce fonds a été intégré à la bibliothèque de l'Académie.
Lorsque l'Académie a été reconstituée, d'abord provisoirement sous le nom d'Athénée (1800), puis rapidement sous son ancien nom, la même politique a été tentée, puis mise en œuvre. Mais, lors des premières décennies, ses fonds avaient été confisqués et joints à ceux de la BM. Ce n'est qu'en 1825, sur décision du baron Rambaud, maire de Lyon et académicien, que l'Académie (alors sise au Palais Saint-Pierre) a retrouvé la propriété et l'usage de ses livres et manuscrits, fonds Adamoli compris. Mais ce dernier ne s'y trouve plus aujourd'hui, l'Académie ayant dû le céder à la BM, faute de place, le 14 juin 1960.
De 1831 à 1912, il a existé à Lyon, au Palais Saint-Pierre, une bibliothèque plutôt scientifique, la "Bibliothèque du Palais des Arts" (BPA), qui a conservé notamment les ouvrages des sociétés savantes (celles-ci en gardant la propriété). C'était une sorte de seconde bibliothèque municipale, dont le bibliothécaire a presque toujours été académicien. Mais, en 1912, la BPA a fusionné avec la BM pour occuper l'ancien palais épiscopal, à savoir le Palais Saint-Jean, qui revenait à la ville après la séparation de l’Église et de l’État. L'Académie (toujours logée au Palais Saint-Pierre) a alors décidé de récupérer son fonds et de le gérer de façon autonome.
Entre temps, un événement important a marqué l'histoire du fonds académique, à savoir la décision de publier régulièrement les (ou plutôt une partie des) mémoires lus dans les séances. Dès 1806, des brochures ont été imprimées (même si quelques-unes sont restées manuscrites) pour faire connaître en quelques dizaines de pages les contenus des travaux académiques et des prix décernés. A partir de 1845 les volumes de Mémoires sont assez systématiques, disons en moyenne tous les deux ans, puis, après un gros trou dans l'immédiat après-guerre, tous les ans depuis la fin des années 1970. Il existe aussi quelques ouvrages exceptionnels publiés par la compagnie (anniversaires, comité d'histoire et d'archéologie, histoire de l'Académie, etc.). Tous ces volumes ont fait l'objet d'échanges avec ceux des autres sociétés savantes françaises, voire étrangères. Malheureusement, les volumes reçus de ces compagnies ont été remis à la Bibliothèque universitaire le 14 juin 1960 et celle-ci a brûlé en 1995. Ce sont donc seulement les numéros postérieurs à 1960 qui sont conservés aujourd'hui sur la place de Lyon (ils sont dans la bibliothèque de l'Académie).
Les fonds d'imprimés et de manuscrits ont été inventoriés et gérés par des bibliothécaires et archivistes, soit professionnels, soit bénévoles, au cours du temps (voir les listes et dates dans Crépel & Hausberg). Les pérégrinations des ouvrages et la confusion entre ceux de l'Académie et ceux de la BM, notamment entre 1793 et 1825, font que les catalogues sont parfois trompeurs. Il faut ici distinguer les imprimés des manuscrits.
Les manuscrits ont bénéficié d'un inventaire imprimé en trois tomes, publié par Delandine en 1812. Ceux de l'Académie ne sont pas à part, mais leur origine est en principe mentionnée à côté de la cote. Delandine a même donné des résumés des pièces en question. Lorsque l'Académie a recouvré ses fonds, une nouvelle numérotation a été décidée au sein de la BPA, probablement dès les années trente du XIXe siècle. Celle-ci est reprise dans les catalogues systématiques de la fin du XIXe siècle. C'est toujours la cotation en vigueur, Ms 1-311. Mais une partie (surtout les numéros inférieurs à 100), correspondant essentiellement au fonds Adamoli, se trouve à la BM, celle-ci a gardé les mêmes numéros, mais sous la forme "Ms PA ...", pour éviter la confusion avec le fonds général de la BM. Bien entendu, à partir de 1912, l'Académie a continué à enrichir ses fonds de manuscrits. Ces derniers portent alors des cotes Ms 312-404, mais récemment, pour les papiers nouvellement cotés (en général des fonds donnés par des académiciens), une série J a été créée, sur le mode du classement des fonds privés dans les Archives départementales. Il existe aussi des classements de type archivistique, pour les registres, documents de comptabilité, prix, etc. Des inventaires plus précis (analytiques, alphabétiques, thématiques), essentiellement dus à Michel Dürr, puis à Reyhana Toorbally, sont consultables sur place. De nombreux instruments de travail (dossiers personnels ou thématiques) ont été réalisés par Louis David, ils ont servi en partie pour l'ouvrage publié à l'occasion du tricentenaire de l'Académie. D'autre part, le Dictionnaire historique des académiciens de Lyon (1700-2016) contient les 824 notices des membres titulaires depuis l'origine, celles-ci sont biographiques et bibliographiques. On y trouve donc des listes de publications et de manuscrits par académicien. Un inventaire alphabétique a été complété par Denis Reynaud pour les manuscrits du XVIIIe siècle.
Les livres ont eu diverses cotes, souvent disparues sur les ouvrages eux-mêmes. La cotation actuelle (sur fiches, mais en cours d'informatisation) est essentiellement due à Roger Wasmer, qui fut bibliothécaire de 1970 à sa mort en 1984 et organisateur du transfert de l'Académie du Palais Saint-Pierre au Palais Saint-Jean début 1975. Les acquisitions ont continué, la cotation a été prolongée dans le même esprit, mais certaines séries nouvelles ont été décidées (notamment pour les livres et brochures relatifs à Lyon). Les périodiques des sociétés savantes reçus en échange ont un classement à part.
L' intérêt de la bibliothèque tient non seulement au nombre de ses nouvrages et parfois à leur rareté, mais aussi à leur histoire, souvent matériellement visible: dédicaces manuscrites datées, annotations d'académiciens, etc. La politique actuelle de conservation met l'accent sur les ouvrages liés à Lyon et à sa région.
Les Mémoires imprimés de l'ASBLA ont été numérisés par Gallica. Un programme de numérisation des registres des séances et des fonds de manuscrits est en cours, au sein de l'Académie (se renseigner). Les fonds sont consultables sur rendez-vous.
Bibliographie sommaire: